Das Bistum El Paso wurde am 3. März 1914 durch PapstPius X. aus Gebietsabtretungen der Bistümer Dallas, San Antonio und Tucson errichtet. Am 16. Oktober 1961 gab das Bistum El Paso Teile seines Territoriums zur Gründung des Bistums San Angelo ab. Eine weitere Gebietsabtretung erfolgte am 17. August 1982 zur Gründung des Bistums Las Cruces.
Das Bistum El Paso ist dem Erzbistum San Antonio als Suffraganbistum unterstellt.