PapstLeo XIII. gründete das Bistum Baker City am 19. Juni 1903 aus Gebietsabtretungen des Erzbistums Oregon City, dem es auch als Suffragandiözese unterstellt wurde.
Am 16. Februar 1952 nahm es den aktuellen Namen an.
Territorium
Das Bistum Baker umfasst die Countys Wasco, Klamath, Lake, Sherman, Gilliam, Wheeler, Morrow, Grant, Union, Crook, Umatilla, Wallowa, Baker, Harney und Malheur des Bundesstaates Oregon.