La diòcesi de Maillezais va ser establerta el 13 d'agost de 1317 amb la butllaSalvator noster del Papa Joan XXII, simultàniament amb la de Luçon, amb territori desmembrat de la diòcesi de Poitiers (ara arxidiòcesi), principalment a causa de l'excessiva extensió territorial d'aquest últim i l'augment en el nombre d'habitants que havien arribat a un milió de persones. Originalment va ser sufragània de l'arxidiòcesi de Bordeus.
Durant les guerres religioses es va destruir l'església de la catedral, que va fer impossible la residència dels bisbes i el capítol; per aquest motiu la seu es va traslladar temporalment a Fontenay-le-Comte. El 1629 el Papa Urbà VIII va recomanar a Henri de Béthune la reconstrucció dels edificis destruïts, però l'intent no va tenir èxit.
Així que el 4 de maig de 1648, en virtut de la butlla In supereminenti del Papa Innocenci X , a la diòcesi de Maillezais es van fusionar territoris retirats de la part septentrional de la diòcesi de Saintes, de l'illa de Ré, d'Aunis i La Rochelle, per a una total de 92 parròquies. Al mateix temps, la seu episcopal va ser traslladada a La Rochelle i la diòcesi va assumir el seu nom actual. Amb aquestes decisions es pretenia aturar la influència protestant a la ciutat de La Rochelle.[1]
El 1742, el bisbe Augustin-Roch de Menou va establir la primera pedra de la nova catedral, que es va completar el 1784 i va ser consagrada per François-Joseph-Emmanuel de Crussol d'Uzès el 27 de juny. Aquest edifici va reemplaçar l'antiga església de San Bartomeu, que va servir com a procatedral durant diversos anys i va ser destruïda pel foc el 1687.
Després del concordat amb la butllaQui Christi Domini del Papa Pius VII del 29 de novembre de 1801 els límits de la diòcesi es van adaptar a les dels departaments. La diòcesi es va estendre als departaments de la Charente-Marítima i la Vendée, incloent així el de la diòcesi de Luçon i la major part del de Saintes, que van ser suprimits. A canvi, va haver de cedir gran part del territori de l'antiga seu de Maillezais a les diòcesis de Poitiers i Nantes.
El 6 d'octubre de 1822, es va restaurar la diòcesi de Luçon, obtenint el seu territori des de la diòcesi de La Rochelle. Amb aquest canvi, la diòcesi es veié notablement canviada en comparació amb la situació abans de la Revolució Francesa: res del territori de la diòcesi de Maillezais abans de 1648 ja no formava part de la nova estructura diocesana; si abans de 1789 la Rochelle, ciutat episcopal, estava situada a l'extrem sud de la diòcesi, ara es trobava a l'extrem nord.[2]
El 22 de gener de 1852 els bisbes de la Rochelle van obtenir el privilegi d'afegir al seu títol el de la diòcesi suprimida de Saintes, l'antiga catedral de la qual es troba en el territori diocesà.
El 2009 es va constituir la seu episcopal titular, corresponent a l'antiga seu de Maillezais, que actualment està fora dels límits de la diòcesi, a la diòcesi de Luçon.
↑Di fatto, l'odierna diocesi di La Rochelle, dal punto di vista territoriale, ricopre quasi per intero l'antica bisbat de Saintes, abans delle cessioni territoriali del 1648.
↑El 18 de maig de 1648 va ser nomenat arquebisbe de Bordeus.
↑Contravenit les disposicions del Papa Pius VII contingudes a la butlla Qui Christi Domini, de Coucy no presentà la seva dimissió el 1801 sinó el 8 de novembre de 1816.