През февруари 1946 година Кръстьо Пастухов публикува във вестник „Свободен народ“ острите статии „Нашата войска“ и „Не ме изкушавайте, лицемери“ - в тях той критикува реч на Георги Димитров, произнесена при клетвата на юнкерите от Военното училище на 19 февруари, в която Димитров открито се обявява за поставяне на армията под контрола на комунистите. Между двамата има личен конфликт, датиращ още от стачките през 1919 година. Ден след публикуването на втората статия Пастухов е арестуван и обвинен по Наредба-законът за защита на народната власт. На 27 юни е осъден на 5 години затвор, присъдата е потвърдена от Върховния касационен съд на 23 октомври.[4]
Присъдата на Върховния касационен съд е обявена дни преди изборите от 27 октомври 1946 година, като Пастухов е лишен от граждански и политически права, за да не може да участва в избора срещу комунистическия лидер Георги Димитров – въпреки това той получава 18 хиляди гласа.[5]
Кръстьо Пастухов е убит на 25 август 1949 година в Сливенския затвор, удушен по заповед на властите (на министъра на вътрешните раоти Антон Югов) от криминален рецидивист[6][7] (по непотвърдени сведения на име Антон Попантонов[8]). Според висшия офицер от Държавна сигурност Стефан Богданов нареждането за убийството му е дадена лично от Георги Димитров.[9]
Памет
На Кръстьо Пастухов е наречена улица в квартал „Дружба“ в София (Карта).
Библиография
Учителското движение и министър Величков. 1897.
Кой е искал войната. 1913.
Кабинетът Цанков. Разлагане на Сговора. 1925.
Десетгодишнината на руската революция. Борбата между Сталин и Троцки. 1928.