У 1959—1962 гадах — машыніст газанаддуўкі, начальнік змены, намеснік начальніка пякоксавага цэха Чалябінскага металургічнага завода.
У 1962—1968 гадах працаваў старшым навуковым супрацоўнікам, кіраўніком групы, начальнікам лабараторыі, начальнікам аддзела тэхналагічных лабараторый Дзяржаўнага навукова-даследчыцкага інстытута электроднай прамысловасці (г. Чалябінск). Падрыхтавана і абаронена ў МХТІ кандыдацкая дысертацыя (1967).
У 1968—1970 гадах — старшы выкладчык, дацэнт, загадчык кафедры Наваполацкага філіяла Беларускага тэхналагічнага інстытута.
У 1970—1973 гадах — дырэктар Наваполацкага філіяла БТІ.
У 1976—1985 гадах — дырэктар Дзяржаўнага навукова-даследчага і праектна-канструктарскага інстытута электроднай прамысловасці Міністэрства каляровай металургіі СССР (г. Масква). Пры непасрэдным удзеле Э. М. Бабенкі былі распрацаваныя эфектыўныя спосабы атрымання каменнавугальных пекаў, вугляродных валокнаў і цэлага шэрагу кампазіцыйных матарыялаў, якія знайшлі сваё выкарыстанне у абарончай прамысловасці, у прыватнасці, касмічнай і авіяцыйнай, і былі асветлены ў доктарскай дысертацыі (1988).
У 1985—1987 гадах — намеснік генеральнага дырэктара па навуцы і новай тэхніцы Усесаюзнага аб’яднання «Саюзвуглярод» Міністэрства каляровай металургіі СССР (г. Масква).
З пачаткам перабудовы цэнтральныя органы кіравання паступова губляюць уплыў на эканамічнае жыццё краіны. Э. М. Бабенка прымае прапанову Міністра сярэдняй і вышэйшай адукацыі БССР М. М. Мяшкова і вяртаецца ў Наваполацк.
Дзякуючы намаганням Э. М. Бабенкі у 2003 годзе Полацкаму дзяржаўнаму ўніверсітэту быў перададзены комплекс будынкаў Полацкага езуіцкага калегіума, які ўключаны ў Дзяржаўны спіс гісторыка-культурных каштоўнасцей Рэспублікі Беларусь як унікальны помнік архітэктуры міжнароднага значэння[4].
Э. М. Бабенка займаецца вывучэннем вадкіх і цвёрдых прадуктаў каменнавугальнага паходжання. Прымаў удзел у распрацоўцы эфектыўных спосабаў атрымання каменнавугальных пекаў, вуглеродных валокнаў і цэлага шэрагу кампазіцыйных матэрыялаў, якія знайшлі сваё выкарыстанне ў абарончай прамысловасці, у прыватнасці, касмічнай і авіацыйнай.
Пад кіраўніцтвам Э. М. Бабенкі супрацоўнікамі кафедры хімічнай тэхналогіі паліва і вугляродных матэрыялаў Полацкага дзяржаўнага ўніверсітэта быў выкананы шэраг работ для прамысловасці, большасць з якіх звязана з распрацоўкай тэхналогій і тэхнічны рашэнняў вытворчасці пекаў з рэшткавых прадуктаз нафтаперапрацоўкі, атрымання бітумаў і бітумазмяшчальных кампазіцыйных матэрыялаў[3].
Грамадская дзейнасць
Дэпутат Наваполацкага гарадскога Савета народных дэпутатаў
Дэпутат Чалябінскага гарадскогf Савета народных дэпутатаў
Дэпутат Віцебскага абласногf Савета народных дэпутатаў
Член камісіі па навукова-тэхнічнай палітыцы пры Савеце Міністраў Рэспублікі Беларусь
Бабенко, Э. М. Второй политех Беларуси: начало: к 50-летию Полоцкого государственного университета / Эрнст Бабенко. — Новополоцк: Полоцкий государственный университет, 2018. — 176 с., 50. ил. ISBN 978-985-513-585-9