1996 — намеснік кіраўніка Адміністрацыі ПрэзідэнтаРэспублікі Беларусь, першы намеснік прэм'ер-міністра Рэспублікі Беларусь.
з сакавіка 1998 г. — старшыня праўлення Нацыянальнага банка Рэспублікі Беларусь. Напярэдадні эканамічнага крызісу 2011 г., П. Пракаповіч заявіў «Пакуль я з'яўляюся старшынёй Нацбанка, дэвальвацыі больш за 5% не будзе», але беларускі рубель неўзабаве абясцэніўся ў тры разы (ад 3 000 да 8 700 BYR за долар ЗША).
13 красавіка2011 г. стала вядома, што Пракаповічу была зробленая складаная аперацыя на сэрцы.
У чэрвені 2011 г. быў адпраўлены ў адстаўку «па стане здароўя».
18 ліпеня 2011 г. быў афіцыйна адпраўлены на пенсію. У 2012—2013 гг. працаваў памочнікам прэзідэнта. 29 лістапада2012 г. узначаліў Раду па развіцці прадпрымальніцтва.