吳應奎（？—？），字孟才，山東兖州府東平州人，軍籍，明朝政治人物、進士出身。

山東鄉試第十一名，會試第一百七十二名，萬曆二年（1574年）登甲戌科進士第三甲第九十一名^[1][2][3]。

曾祖父吳聰；祖父吳仲宏，曾任七品散官；父吳道南，曾任冠帶生員。母田氏^[4]。