У селі була дерев'яна церква (рік побудови невідомий). У 1902 році в Гнилицях збудовано муровану церкву Покрови Пресвятої Богородиці з тесаного каменю (архітектор Василь Нагірний[2]). Дерев'яну церкву розібрали і перенесли до села Бутлів Лановецького району (церква збереглася).
У 1946 році о. Максим Хома разом з парафіянами перейшов у московське православ'я та продовжував відправляти в місцевій церкві.
У 1961 р. церкву закрили. 12 січня 1963 року рішенням виконкому Тернопільської обласної ради церкву в селі Гнилиці закрили і передали під спортзал. Наприкінці 1988 року, за рік до легалізації УГКЦ, церкву в Гнилицях державна влада відкрила і сюди прислали православного священника. Після виходу Української Греко-Католицької Церкви з підпілля в березні 1992 року в селі знову було утворено і зареєстровано греко-католицьку громаду. Лише половина жителів села підтримала повернення до батьківської віри. Через спротив православної громади вірні греко-католики протягом 15 років не могли добитися права на хоча б почергове користування власною церквою Покрови Пресвятої Богородиці. Лише у 2007 році, у Хрестопоклінну Неділю в церкві відправили першу Службу Божу, яку відслужив греко-католицький священник о. Михайло Валійон.
У 1999—2000 роках за кошти парафіян з ініціативи священика збудували проборство. У 2004—2005 роках Леся та Ярослава Млинки пожертвували для храму кошти на Хресну Дорогу.
У Світлий вівторок 10 квітня 2007 року на парафії відбулася візитація Тернопільсько-Зборівського єпарха владики Василія Семенюка.
На території церковного подвір'я є могила Січовим Стрільцям, яку відновили та освятили у 1991—1992 роках.
