У дорослому футболі дебютував 1984 року виступами за «Валенсію», в якій провів десять сезонів, взявши участь у 232 матчах чемпіонату. Більшість часу, проведеного у складі «Валенсії», був основним гравцем захисту команди.
Всього протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 5 років, провів у формі головної команди країни 15 матчів.
Кар'єра тренера
Флорес розпочав тренерську кар'єру 1997 року в молодіжному складі «Реал Мадрида», де, свого часу, працював Рафаель Бенітес. Після двох вдалих сезонів, Флорес очолив «Хетафе», з яким зайняв 13-е місце, виконавши завдання збереження місця в Примері. Після цього він очолив «Валенсію», де також працював Бенітес. У перший сезон з новим клубом, Флорес зайняв 3-е місце. А наступного дійшов до 1/4 фіналу Ліги чемпіонів, де його клуб програв «Челсі», а також зайняв 4-е місце в чемпіонаті. 29 жовтня 2007 року, після серії невдалих матчів, рада директорів «Валенсії» ухвалила рішення звільнити Флореса через незадовільні результати[1].
24 травня 2008 року Флорес був призначений тренером португальської «Бенфіки»[2], підписавши контракт до 2010 року. Проте Флорес пропрацював в «Бенфіці» лише рік, і був звільнений з обопільної згоди 8 червня 2009 року, після того, як клуб зайняв 3-є місце в чемпіонаті країни. Звільнення відбулося попри те, що Флорес хотів провести в «Бенфіці» весь термін контракту[3].
23 жовтня 2009 року Флорес очолив мадридське«Атлетіко», замінивши звільненого Абеля Ресіно[4]. Флорес підписав контракт до 30 червня 2010 року[5]. Пропрацювавши в клубі 7 місяців, Флорес привів мадридців до перемоги в Лізі Європи. 26 травня 2010 року Флорес продовжив контракт з «Атлетіко» ще на 1 рік[6]. Після закінчення сезону 2010/2011 Кіке покинув «Атлетіко»[7], пізніше він сказав: «У мене є достатній досвід, щоб я зрозумів, що подальша робота в «Атлетіко» для мене неможлива»[8].
8 листопада 2011 Санчес Флорес очолив еміратський клуб «Аль-Аглі» (Дубай)[9], де пропрацював до 2013 року. Згодом ще один рік очолював іншу еміратську команду, «Аль-Айн».
2015 року деякий час був головним тренером «Хетафе», того ж року очолив англійський «Вотфорд».
Влітку 2016 року повернувся на батьківщину, ставши очільником тренерського штабу барселонського «Еспаньйола».
