Вихованець футбольної школи клубу «Фламенго». Дорослу футбольну кар'єру розпочав 1996 року в основній команді того ж клубу, в якій провів шість сезонів, взявши участь у 75 матчах чемпіонату.
Своєю грою привернув увагу представників тренерського штабу клубу «Баєр 04», до складу якого приєднався 2002 року за 3,1 млн євро. Відіграв за команду з Леверкузена наступні п'ять сезонів своєї ігрової кар'єри. Більшість часу, проведеного у складі «Баєра», був основним гравцем захисту команди.
До складу клубу «Рома» приєднався 21 червня2007 року за 6,3 млн євро, разом з яким став володарем Суперкубка Італії та Кубка Італії. Всього за 5 сезонів встиг відіграти за «вовків» 119 матчів в національному чемпіонаті.
15 липня2012 року Жуан підписав контракт з «Інтернасьйоналом» строком на 2 роки з правом продовження ще на рік[1][2]. 11 листопада2015 року Хуан і «Інтернасьйонал» погодилися розірвати контракт за взаємною згодою і майжеь через місяць, 8 грудня2015 року, Жуан підтвердив своє повернення в рідне «Фламенго». Відтоді встиг відіграти за команду з Ріо-де-Жанейро 27 матчів в національному чемпіонаті, після чого завершив кар'єру.
Наступного року взяв участь у другому для себе чемпіонаті світу 2010 року у ПАР і забив на цьому турнірі 1 гол в матчі 1/8 фіналу проти збірної Чилі. Наступний матч проти збірної Нідерландів завершився поразкою бразильців 1:2, які змушені були покинути турнір, а для Жуана той матч став останнім у футболці збірної.
Всього за десять років провів у формі головної команди країни 82 матчі, забивши 7 голів.
