Народився 28 листопада1908 року. Вихованець футбольної школи клубу «Герта» (Відень). Футбольну кар'єру розпочав 1926 року в основній команді того ж клубу. Клуб посів перше місце у другому дивізіоні і піднявся у вищий[5]. В еліті «Герта» посіла шосте місце, а Цізар став найкращим бомбардиром команди, відзначившись 17 разів у 24 матчах[6]. Крім того команда дісталась до півфіналу національного кубку, у матчах якого Франц забив 5 голів[7].
Наступний сезон Цізар розпочав у «Герті», але другу частину провів, захищаючи кольори «Аустрії» (Відень).
З 1929 і по 1935 рік виступав у складі клубу «Вінер Атлетікспорт Клуб», більш відомої як ВАК. Команда переважно трималась у середині національної ліги, незважаючи на хороший склад і присутність у команді таких зірок австрійського і європейського футболу, як Рудольф Гіден, Карл Сеста, Георг Браун, Гайнріх Мюллер та інших. Найвищим результатом у чемпіонаті, якого досягла команда в роки виступів Цізара було четверте місце у 1930 і 1933 роках.
Більш вдало команда виступала у національному кубку. Команда здобула перемогу у кубку Австрії 1931. Той розіграш проводився за експериментальною схемою. 10 найсильніших команд команд країни грали за круговою схемою в одне коло. ВАК у дев'яти матчах жодного разу не програв і лише двічі зіграв унічию. Завдяки цьому клуб на одне очко випередив «Аустрію» і здобув трофей. Цизар у ВАКу переважно грав на позиції правого крайнього нападника, але у цьому розіграші кубка виступав у захисті з Йоганном Бехером, підміняючи Карла Сесту. На рахунку Франца 4 матчі турніру з дев'яти.
Став з клубом фіналістом кубка Мітропи 1931 року, куди ВАК потрапив як переможець національного кубку. В чвертьфіналі ВАК у першій грі несподівано розгромив у Будапешті місцеву Хунгарію з рахунком 5:1. Незважаючи на таку перевагу, матч-відповіді не видався для віденців простим. «Хунгарія» забила два м'ячі на 2-й і 3-й хвилинах матчу, а на початку другого тайму ще й третій. Втім на більше угорці не спромоглися, чудову гру демонстрував знаменитий воротар австрійців Рудольф Гіден, а фактичну крапку у грі поставив нападник Йозеф Ганке на 81-й хвилині, встановивши остаточний рахунок — 1:3[8]. В 1/2 фіналу ВАК зустрічався з чехословацькою «Спартою». У першій грі австрійці вдома поступились з рахунком 2:3. У матчі-відповіді ВАК вів у рахунку 3:0, але втратив перевагу, дозволивши «спартанцям» зрівняти рахунок. Перемогу і можливість зіграти у матчі-переграванні команді з Австрії приніс гол Гайнріха Гілтля на 88-й хвилині. У переграванні в Празі ВАК переміг 2:0 завдяки голам Франца Цізара і Гайнріха Гілтля[8]. У фіналі зустрічались дві австрійські команди ВАК і «Вієнна». В першій грі ВАК вигравав після першого тайму 2:0, але втратив перевагу і поступився 2:3. У матчі відповіді Цізар не грав, а «Вієнна» вдруге поступилась супернику 1:2[8].
Ще одного разу у складі ВАКа дістався фіналу національного кубку у 1932 року. Клуб Цізара у фіналі поступився «Адмірі» з рахунком 1:6[9]. Також ВАК дійшов до фіналу кубка у 1935 році, але Франц у тому розіграші у вирішальних матчах не грав
Згодом з 1935 по 1937 рік грав у складі команд «Моравска Славія» (Брно) та «Мец».
Завершив професійну ігрову кар'єру у клубі «Простейов», за команду якого виступав протягом 1937—1938 років.
Виступи за збірну
1933 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Австрії у товариській грі проти збірної Угорщини, виступаючи на звичній позиції правого нападника[10]. За правий фланг нападу у збірній відповідав Карл Цишек, тому Цізара почали випробовувати у захисті. Протягом кар'єри у національній команді за 2 роки, провів у її формі 9 матчів[11].
Зокрема, на чемпіонату світу 1934 року в Італії Франц грав захисника у парі з партнером по ВАКу Карлом Сестою. Австрія вважалась одним з фаворитів змагань, але вибула від господарів у півфіналі. Грав у всіх матчах своєї команди проти Франції (3-2)[12], Угорщини (2-1)[13], Італії (0-1)[14] і Німеччини (2-3)[15].
Також виступав у складі збірної Відня, у якій дебютував ще гравцем «Герти» у 1928 році. Віденці зіграли внічию 1:1 зі збірною Праги[16]. Проти тієї ж збірної Праги Франц також грав у 1933 році. Спочатку у квітні Відень поступився в гостях з рахунком 0:2[17], а уже у вересні вдома взяв впевнений реванш, перемігши 4:0[18].
Крім того, на рахунку Цізара є дві гри у збірній Австрія-В. Обидві проти команди італійської збірної. В 1932 році австрійці поступились у Римі з рахунком 1:3[19]. У цій грі Франц грав у нападі. А у 1934 році у Генуї друга італійська збірна з Сільвіо Піолою на чолі розгромила команду Цізара, що цього разу грав у захисті, з рахунком 8:1[20].