Вихованець СДЮШ Раменське. Перший тренер — А. Ліпаткін.
З 18 років — у складі московського ЦСКА. Три сезони провів у дублі, а в 1975 дебютував за основу. Однак уже в наступному році був відправлений у ростовський СКА. У Ростові провів два сезони, з невеликою перервою на тренувальний збір із «Крилами Рад» із Куйбишева.
У 1978—1979 роках грав за воронезький «Факел», з яким піднявся з 2-ї ліги в 1-шу і де вперше проявив себе як бомбардир. В 1980 році повернувся в Москву, де грав за «Локомотив». І хоча команда не втрималася в сезоні 1980 року в вищій лізі, Муханов команду не покинув і виступав у ній ще три сезони.
У 1984—1986 роках не виступав. У 1987 увійшов до заявки клубу 2-ї ліги «Сокіл» (Саратов), де знову нагадав про себе як про бомбардира. У 1988 році, вже будучи в складі «Факела», знову допоміг команді піднятися лігою вище.
Сезон 1989 року провів у клубі «Нива» (Вінниця), після чого завершив виступи. У 1992 році ненадовго відновив кар'єру, відігравши півсезону в «Нафтохіміку», в складі якого зіграв 18 матчів[1], і спробував свої сили в міні-футболі в складі клубу «Новорусь» (Москва).
У «Нафтохіміку» працював і як головний тренер, і це стало стартом його тренерської кар'єри.
У 2013 році повернувся в Росію, 6 червня 2013 року призначений головним тренером воронезького «Факела»[3]. 15 листопада 2013 року був звільнений із зіайманої посади[4]. 10 грудня 2013 року погодився очолити «Хімки»[5]. По завершенні сезону, 18 червня 2014 року, залишив клуб[6].