1741 року генерал-майор С. Ф. Апраксін зустрічав на кордоні посольство Тахмас-Кулі-хана, підкорювача Моголу. Після зустрічі Тахмас-Кулі-хана з імператрицею Єлизаветою, наприкінці 1742 року посольство залишило межі Російської імперії.
Невдовзі по тому Степан Федорович був направлений посланцем у Персію.
Після повернення в Росію був генерал-крігскомісаром, віце-президентом Військової колегії.
5 вересня 1756 р. С. Ф. Апраксін був зведений у фельдмаршали.
Семирічна війна
З вступом Росії у війну проти Пруссії, С. Ф. Апраксін був призначений головнокомандувачем російською армією. У травні 1757 року 100-тисячна російська армія вирушила з Ліфляндії в напрямку Німана. Початком військової компанії стали осада і взяття Мемеля 20-тисячною армією генерал-аншефа Вілліма Фермора.
Основні сили російської армії були зосереджені в рійоні Вержболово і Гумбіннена. Скориставшись нерішучістю росіян, фельдмаршал Йоган фон Левальд, попри дворазову перевагу супротивника, вирішив атакувати російський табір. Генеральна битва між російською і пруською арміями відбулась 19(30) серпня 1757 року поблизу Гросс-Єгерсдорфу й закінчилась доволі сумнівною перемогою російського війська.
Попри сподівання на подальший наступ, 27 серпня армія під керівництвом С. Ф. Апраксіна відійшла за Преголю з такою поспішністю, ніби росіяни зазнали поразки. Сам фельдмаршал посилався на труднощі з забезпеченням, що виникли.
Опала і останні роки
Після відступу генерал-фельдмаршал С. Ф. Апраксін був відсторонений від командування російською армією й потрапив під слідство за звинуваченням у державній зраді. Його було заарештовано у Нарві й ув'язнено в палаці «Три Руки» поблизу Санкт-Петербурга.
Слідство не було доведене до кінця, оскільки під час одного з допитів 6(17) серпня 1758 року (за іншими даними — 1760 року) С. Ф. Апраксін помер внаслідок апоплектичного удару.
