Народився 6 червня 1911 року в Празі. За «Славію» виступав з 1931 по 1940 і в 1942 році. Чемпіон Чехословаччини 1933, 1934, 1935, 1937. Володар кубка Богемії 1932, 1935. Володар кубка Мітропи 1938 року (у фіналі не грав). Найкращий бомбардир чемпіонату Чехословаччини сезону 1933/34 з 18 голами (разом з бельгійським гравцем «Спарти»Раймоном Бреном). Загалом у складі «Славії» зіграв 282 матчі і забив 178 голів, серед яких 114 матчів і 70 голів в чемпіонаті[1][2].
За національну збірну дебютував 25 березня1934. У Коломбі чехословацькі футболісти перемогли збірну Франції (2:1). На 89-й хвилині Їржі Соботка забив переможний гол. У наступному матчі, проти збірної Угорщини, відкрив рахунок вже на другій хвилині. На чемпіонаті світу Соботка був гравцем основного складу. Грав відтягнутого форварда під нападниками Свободою і Неєдлим. Відмінно зіграв на турнірі, хоч сам і не забивав. Більше займався постачанням м'яча центрфорвардам або швидким крайнім нападникам Пучу й Юнеку. За збірну Соботка виступав до 1937 року. Цього року, в товариському матчі проти команди Литви, зробив хет-трик (остаточний рахунок 4:0). Грав у першій грі відбірного циклу до чемпіонату світу 1938, але до Франції не поїхав. Всього за національну команду провів 23 матчі, 8 голів.
У сезоні 1940/41 був граючим тренером клубу «Хайдук» із Спліта (чемпіон Хорватії 1941). У 1943—1946 виступав за команду «Батя» (Злін).
Після війни переїхав до Швейцарії. У «Шо-де-Фон» розпочинав як граючий наставник команди, а згодом цілком зосередився на тренерській діяльності. Двічі здобував перемоги у чемпіонаті Швейцарії і п'ять — у національному кубку. Два сезони працював з роттердамським «Феєнордом». З 1961 по 1965 — головний тренер «Базеля» (володар кубка Швейцарії 1963). У квітні-травні 1964 року очолював збірну Швейцарії. Під його керівництвом команда провела три матчі: перемога над бельгійцями (2:0) і поразки від португальців (2:3) та італійців (1:3). Був головним тренером швейцарських команд «Біль», «Шо-де-Фон», «Аарау», «Беллінцона», бельгійського «Шарлеруа» й іспанського «Сант-Андреу» (Барселона). Завершив тренерську діяльність у 1976 році.