1970 yılında Zeliha Berksoy ile evlendi. Bu evlilikten bir oğlu oldu. Çift 4 sene sonra boşandı.
1991 milletvekili seçimlerinde SHP'nin başarılı belediye başkanlarını kaybetmemek için milletvekili adaylıklarına izin vermemesi üzerine, DYP'den aday olarak kazandı ve 49. hükûmetteSağlık Bakanı olarak görev aldı. Aktuna, bu bakanlık döneminde sağlık reformu çerçevesinde 1. ve 2. Ulusal Sağlık Kurultaylarını topladı.
50. hükûmette Devlet Bakanı ve Hükûmet Sözcüsü olarak görev yapan Aktuna, 7 Mart 1996’da 53. hükûmetin yine Sağlık Bakanı olarak atandı ve 54. hükûmette de Sağlık Bakanlığını sürdürdü. 55. hükûmette ise yine Devlet Bakanı olarak görev aldı.
2003 yılında Liberal Demokrat Parti’ye katılan Aktuna, bu partide de genel başkan yardımcısı görevi üstlendi.
29 Eylül 2007 tarihinde pankreas kanserinden 77 yaşında ölen Yıldırım Aktuna, 2 Ekim 2007 günü son yolculuğuna uğurlandı. Aktuna için önce 1979-1988 yılları arasında başhekimlik görevinde bulunduğu Bakırköy Ruh ve Sinir Hastalıkları Hastanesi'nde, sonra da 1989-1991 yıllarında belediye başkanlığı yaptığı Bakırköy'de tören düzenlendi. Aktuna'nın cenazesi daha sonra Ataköy 5. Kısım Camii'nde kılınan namazın ardından Zincirlikuyu Mezarlığı'nda defnedildi. Bir çocuk babasıydı.[2]
.png)