Koronavirüs

Bu madde bir virüs alt familyası hakkındadır. SARS-CoV-2'nin sebep olduğu hastalık için Koronavirüs hastalığı 2019 sayfasına bakınız. 2019-? salgını için COVID-19 pandemisi sayfasına bakınız.
Koronavirüs
Avian koronavirüs'ün Geçirimli elektron mikroskobu
bir SARS-CoV-2 virüsünün illüstrasyonu[2]     Kırmızı: spike proteinleri (S)     Gri: çift katlı lipit zarfı     Sarı: zarf proteinleri (E)     Turuncu: membran proteinleri (M)
Virüs sınıflandırması Bu sınıflandırmayı düzenle
(sırasız): Virus
Üst âlem: Riboviria
Âlem: Orthornavirae
Şube: Pisuviricota
Sınıf: Pisoniviricetes
Takım: Nidovirales
Familya: Coronaviridae
Alt familya: Orthocoronavirinae
Cinsler [1]
Sinonimler [3][4]
  • Coronavirinae

Koronavirüs ya da korona virüsü (Latince: Orthocoronavirinae), kuşlarda ve memelilerde hastalıklara sebep olan ve Coronaviridae familyasının iki alt familyasından birini oluşturan virüslerdir. İnsanlarda genellikle ciddi olmayan virüs, nezle vakalarının önemli bir bölümüne yol açmasıyla birlikte, aralarında MERS-CoV, SARS-CoV ve COVID-19 (2019-nCoV)'un bulunduğu bazı nadir koronavirüs çeşitleri ölüm riski bulunduran solunum yolu enfeksiyonlarına neden olabilir.[5] Koronavirüsler ineklerde ve domuzlarda ishal, tavuklarda ise üst solunum yolu hastalıklarına sebep olur.

İçerisinde barındırdığı genetik materyal (genom) pozitif polariteli, tek iplikçikli RNA'dan oluşur. Bugüne kadar tespit edilmiş en büyük RNA genomuna sahip virüslerdir, 30 kilobazdan büyük bir uzunluğa sahiptir. 125 nanometre büyüklüğe sahip olan virüsün en belirgin özelliği etrafındaki değneğe benzeyen çıkıntılarıdır. Bu özelliğiyle mikroskop altında güneşin taç küresine (Latince: corona) benzediği için koronavirüs adını almıştır.[6]

SARS-CoV 2'ye karşı birçok aşı geliştirilmiştir. Ayrıca hastalığın kontrol edilmesinde semptomatik tedavi, izolasyon ve çeşitli deneysel uygulamalar da yer alır.[7] El yıkama, mesafe koyma ve yüze dokunmama koronaviral hastalıkların yayılmasını önlemek için önerilen önlemlerdendir.[8][9]

Keşif

Koronavirüsler 1960'larda keşfedildi.[10] İlk keşfedilmiş virüsler arasında tavuklarda görülen infeksiyöz bronşitis virüsü ile soğuk algınlığı semptomları insan hastaların burun boşluklarından alınmış ve insan koronavirüsü 229E ve OC43 olarak isimlendirilmiş iki virüs türü yer almaktadır.[11] İlerleyen zamanlarda aralarında 2003'te keşfedilen SARS koronavirüsü, 2004'te belirlenmiş HCoV NL63, 2005'te teşhis edilmiş HKU1, 2012'de fark edilmiş MERS-CoV ile Vuhan kökenli CoVID-19'un da yer aldığı pek çok yeni koronavirüs türü keşfedilmiştir. Bu virüslerin çoğu ciddi solunum yolu enfeksiyonlarına neden olmaktadır.

Morfolojisi

Cross-sectional model of a coronavirus
Koronavirüs kesit modeli

Koronavirüsler yüzeyinde çıkıntılara sahip, büyük, pleomorfik ve küre şeklindeki partiküllerdir.[12] Virüs partiküllerinin çapı yaklaşık 120 nm olmaktadır.[13] Viral zarf elektron mikrograflarında elektron zengini bir kabuk olarak vizüelize edilir.[14]

Koronavirüslerin viral zarfı, çift katlı lipit katmandan oluşmakta olup, zarfta membran (M), zarf (E) ve spike (S) proteinleri yer alır.[15] Belirli koronavirüs gruplarında, özellikle de Betacoronavirüs A altgrubunda, spike proteinlerine benzeyen ancak daha kısa olan hemagglutinin esteraz (HE) yüzey proteinleri yer alır.[16]

Viral zarfın içerisinde nükleokapsit yer alır. Nükleokapsit, pozitif yönelimli ve tek iplikçikli RNA'ya bağlı pek çok nükleokapsid (N) proteininden oluşur.[13][17]

İnsan koronavirüsleri

Yetişkinlerde ve çocuklarda görülen nezle vakalarının önemli bir kısmından koronavirüslerin sorumlu olduğu düşünülmektedir. Bu virüs grubu, ateş ve bademciklerin büyümesi gibi semptomlara neden olmakla beraber en çok kış ve erken baharda nezleye yol açmaktadır.[18] Bunlara ek olarak koronavirüsler zatürre ile bronşite (viral veya ikincil bakteriyel) neden olabilirler.[19]

7 adet farklı insan koronavirüsü bulunmaktadır:

  1. İnsan koronavirüsü 229E (HCoV-229E)
  2. İnsan koronavirüsü OC43 (HCoV-OC43)
  3. SARS-CoV
  4. İnsan koronavirüsü NL63 (HCoV-NL63, Haven koronavirüsü)
  5. İnsan koronavirüsü HKU1
  6. MERS koronavirüsü (MERS-CoV)
  7. Yeni koronavirüs (CoVID-19)[20][21]

HCoV-229E, -NL63, -OC43 ve -HKU1 virüsleri dünya çapında insan nüfusu arasında çocuklarda ve yetişkinlerde solunum yolu enfeksiyonlarına neden olmaktadır.[22]

CoVID-19, MERS-CoV ve SARS-CoV bulaşmış hastaların gösterdiği karakteristik özellikler[23]
COVID-19* MERS-CoV SARS-CoV
Demografi
Tespit tarihi Aralık 2019 Haziran 2012 Kasım 2002
Tespit yeri Vuhan, Çin Cidde, Suudi Arabistan Guangdong, Çin
Yaş ortalaması 49 56 39.9
Yaş aralığı 0–76 14–94 1–91
Erkek:kadın oranı 2.7:1 3.3:1 1:1.25
Tespit edilmiş vaka 704.753.890 2494 8096
Vaka ölüm oranı 1005353.78 (?) 858 (%37) 744 (%9.7)
Sağlık çalışanları %16 %9.8 %23.1
Semptomlar
Ateş %87,9 %98 %99–100
Kuru öksürük %67,7 %47 %29–75
Dispne %18,6 %72 %40–42
İshal 1 (%3) %26 %20–25
Boğaz ağrısı 0 %21 %13–25
Mekanik ventilasyon %9.8 %80 %14–20
*: Semptomlar ilk 41 hastayı içerir. †: 23 Ocak 2020 tarihli bilgi.

‡: 21 Ocak 2020; diğer bilgiler de 21 Ocak 2020.

Şiddetli akut solunum yolu sendromu

Ana madde: Şiddetli akut solunum yolu sendromu

Şiddetli akut solunum yolu sendromu (SARS),[24] insanlarda SARS-CoV koronavirüsünün neden olduğu bir solunum yolu sendromudur.[25][26] 2002 ile 2003 yılları arasında Hong Kong'dan yayılan SARS salgını neredeyse pandemi haline gelmiş ve dünya çapında 8422 vaka ve 1524 ölüme yol açmıştır.[27] Dünya Sağlık Örgütü ölüm oranını %10,9 olarak açıklamıştır.[28]

MERS

Ana madde: MERS

Orta Doğu Solunum Sendromu (MERS), ilk olarak 2012 yılında Suudi Arabistan'da tespit edilmiş, MERS-CoV'un yol açtığı bir koronavirüs enfeksiyonudur. Bu virüsün bulaştığı hastaların %36'sı hayatını kaybetmektedir.[29] Nefes darlığı, öksürük ve ateş hastalığın en önemli belirtileri arasındadır. Bazı bünyeler hastalığı hafif belirtilerle atlatabilir. Hastalıktan kurtulanların virüsü bulaştırma riski yoktur.

Şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüsü 2

Ana madde: Şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüsü 2

Şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüsü 2 veya CoVID-19 veya Vuhan koronavirüsü, ilk olarak 2019'da bildirilmiş, Çin'in Vuhan kenti kökenli bir virüstür. İnsandan insana bulaşabilen virüsün bulaşma hızı 2020 yılının Ocak ayı ortalarında hızlanmıştır.[30] Virüsün kuluçka dönemi 4-14 gündür. Virüsün bulaştığı bireylerde görülen ölüm oranının %3'ün altında olduğu tahmin edilmektedir.[31]

COVID-19 pandemisi ile mücadele eden Çin aşı çalışmalarına devam etmektedir. Rusya ise aşı çalışmalarına destek veren ilk ülke olmuştur.[kaynak belirtilmeli] Ayrıca, Pfizer firması COVID-19'u tedavi etmek için Nirmatrelvir isimli bir antiviral üreterek Paxlovid ticari adı ile satışa sunmuş ve 16 Kasım 2021 tarihinde FDA'ya ilacın acil kullanımı için izin isteği göndermiştir.[32]

12 Nisan 2024 itibarıyla Dünya çapında SARS-CoV-2 virüsü nedeniyle 704.753.890 vaka, 7.010.681 ölüm ve 675.619.811 iyileşme gözlenmiştir.[33]

Evrim

İnsan koronavirüslerinin hayvan kökenleri. (Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüsü (SARS-CoV) ve Orta Doğu solunum sendromu koronavirüsü (MERS-CoV), sırasıyla misk kedileri ve tek hörgüçlü develer aracılığıyla yarasalardan insanlara bulaştı.)

Koronavirüslerin en son ortak atası (ESOA) MÖ 8000 civarına tarihlenir.[34] Buna rağmen koronavirüslerin çok daha eski olabileceği de düşünülür. Alphacoronovirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus, ve Deltacoronavirus cinslerinin ESOA'ları sırasıyla MÖ 2400, MÖ 3300, MÖ 2800 ve MÖ 3000'e dayanmaktadır. Sıcakkanlı ve uçabilen, kuş ve memeli gibi omurgalıların ideal konaklar olduğu ve koronavirüs evriminde ve yayılmasındaki ana faktörleri oluşturduğu düşünülür. Alphacoronovirus ve Betacoronavirus için yarasalar, Gammacoronavirus ve Deltacoronavirus için ise kuşlar ideal genetik kaynaktır.[35][36]

Taksonomi

Kaynakça

  1. ^ "Virus Taxonomy: 2018b Release". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (İngilizce). Mart 2019. 4 Mart 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Ocak 2020. 
  2. ^ Giaimo C (1 Nisan 2020). "The Spiky Blob Seen Around the World". The New York Times. 2 Nisan 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 6 Nisan 2020. 
  3. ^ "2017.012-015S" (xlsx). International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (İngilizce). Ekim 2018. 14 Mayıs 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Ocak 2020. 
  4. ^ "ICTV Taxonomy history: Orthocoronavirinae". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (İngilizce). 25 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Ocak 2020. 
  5. ^ "Coronavirus". who.int. Dünya Sağlık Örgütü. 22 Şubat 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 27 Ocak 2020. 
  6. ^ Fehr, A. R. & Perlman, S. Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis. 30 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Methods Mol Biol 1282, 1–23 (2015).
  7. ^ "Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)". Centers for Disease Control and Prevention (CDC). 15 Şubat 2020. 21 Mart 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 20 Şubat 2020. 
  8. ^ "Advice for public". World Health Organization (WHO). 22 Mart 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Şubat 2020. 
  9. ^ "SARS: Prevention". MayoClinic.com. 24 Eylül 2019. 20 Mart 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  10. ^ "Coronavirus: Common Symptoms, Preventive Measures, & How to Diagnose It". Caringly Yours (İngilizce). 28 Ocak 2020. 6 Mart 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Ocak 2020. 
  11. ^ Geller C, Varbanov M, Duval RE (Kasım 2012). "Human coronaviruses: insights into environmental resistance and its influence on the development of new antiseptic strategies". Viruses. 4 (11). ss. 3044-3068. doi:10.3390/v4113044. ISSN 1999-4915. PMC 3509683 $2. PMID 23202515. 
  12. ^ Goldsmith CS, Tatti KM, Ksiazek TG, Rollin PE, Comer JA, Lee WW, Rota PA, Bankamp B, Bellini WJ, Zaki SR (Şubat 2004). "Ultrastructural characterization of SARS coronavirus". Emerging Infectious Diseases. 10 (2). ss. 320-6. doi:10.3201/eid1002.030913. PMC 3322934 $2. PMID 15030705. Virions acquired an envelope by budding into the cisternae and formed mostly spherical, sometimes pleomorphic, particles that averaged 78 nm in diameter (Figure 1A). 
  13. ^ a b Fehr AR, Perlman S (2015). Maier HJ, Bickerton E, Britton P (Ed.). "An Overview of Their Replication and Pathogenesis; Section 2 Genomic Organization". Methods in Molecular Biology. Cilt 1282. Springer. ss. 1-23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385 $2. PMID 25720466. See section: Virion Structure. 
  14. ^ Neuman BW, Adair BD, Yoshioka C, Quispe JD, Orca G, Kuhn P, Milligan RA, Yeager M, Buchmeier MJ (Ağustos 2006). "Supramolecular architecture of severe acute respiratory syndrome coronavirus revealed by electron cryomicroscopy". Journal of Virology. 80 (16). ss. 7918-28. doi:10.1128/JVI.00645-06. PMC 1563832 $2. PMID 16873249. Particle diameters ranged from 50 to 150 nm, excluding the spikes, with mean particle diameters of 82 to 94 nm; Also See Figure 1 for double shell. 
  15. ^ Lai MM, Cavanagh D (1997). "The molecular biology of coronaviruses". Advances in Virus Research. Cilt 48. ss. 1-100. doi:10.1016/S0065-3527(08)60286-9. ISBN 9780120398485. PMID 9233431. 
  16. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; groot isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: Kaynak gösterme)
  17. ^ Chang CK, Hou MH, Chang CF, Hsiao CD, Huang TH (Mart 2014). "The SARS coronavirus nucleocapsid protein--forms and functions". Antiviral Research. Cilt 103. ss. 39-50. doi:10.1016/j.antiviral.2013.12.009. PMID 24418573. See Figure 4c. 
  18. ^ Liu P, Shi L, Zhang W, He J, Liu C, Zhao C, Kong SK, Loo JF, Gu D, Hu L (Kasım 2017). "Prevalence and genetic diversity analysis of human coronaviruses among cross-border children". Virology Journal (İngilizce). 14 (1). s. 230. doi:10.1186/s12985-017-0896-0. PMC 5700739 $2. PMID 29166910. 
  19. ^ Forgie S, Marrie TJ (Şubat 2009). "Healthcare-associated atypical pneumonia". Seminars in Respiratory and Critical Care Medicine. 30 (1). ss. 67-85. doi:10.1055/s-0028-1119811. PMID 19199189. 
  20. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; WHO20200110 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: Kaynak gösterme)
  21. ^ "Novel Coronavirus 2019, Wuhan, China | CDC". www.cdc.gov. 23 Ocak 2020. 20 Şubat 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 23 Ocak 2020. 
  22. ^ Corman VM, Muth D, Niemeyer D, Drosten C (2018). "Hosts and Sources of Endemic Human Coronaviruses". Advances in Virus Research. Cilt 100. ss. 163-188. doi:10.1016/bs.aivir.2018.01.001. ISBN 978-0-12-815201-0. PMID 29551135. 
  23. ^ Wang, Chen; Horby, Peter W.; Hayden, Frederick G.; Gao, George F. (24 Ocak 2020). "A novel coronavirus outbreak of global health concern". The Lancet. doi:10.1016/S0140-6736(20)30185-9 Özgürce erişilebilir. 
  24. ^ "WHO sitesinde SARS sayfası" (İngilizce). 19 Temmuz 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 19 Temmuz 2012. 
  25. ^ Thiel V (editor). (2007). Coronaviruses: Molecular and Cellular Biology (1. bas.). Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-16-5. 31 Ağustos 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 2 Şubat 2020. 
  26. ^ "CDC- SARS" (İngilizce). 28 Temmuz 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 19 Temmuz 2012. 
  27. ^ "Summary table of SARS cases by country, 1 November 2002 – 7 August 2003". World Health Organization. 28 Ekim 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 2 Şubat 2020. 
  28. ^ "Summary of probable SARS cases with onset of illness from 1 November 2002 to 31 July 2003". WHO. 8 Aralık 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Ekim 2008. 
  29. ^ "Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV)". World Health Organization. 18 Şubat 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Nisan 2017. 
  30. ^ "Chine virus death toll rises to 41, more than 1,300 infected worldwide" [1] 26 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi., CNBC, 24 Ocak 2020, Ulaşım tarihi 26 Ocak 2020.
  31. ^ "Arşivlenmiş kopya". 2 Şubat 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 2 Şubat 2020. 
  32. ^ "Pfizer's Novel COVID-19 Oral Antiviral Treatment Candidate Reduced Risk of Hospitalization or Death by 89% in Interim Analysis of Phase 2/3 EPIC-HR Study | Pfizer". www.pfizer.com. 5 Kasım 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 12 Ocak 2023. 
  33. ^ "Arşivlenmiş kopya". 22 Mart 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Şubat 2020. 
  34. ^ Wertheim JO, Chu DK, Peiris JS, Kosakovsky Pond SL, Poon LL (Haziran 2013). "A case for the ancient origin of coronaviruses". Journal of Virology. 87 (12). ss. 7039-7045. doi:10.1128/JVI.03273-12. PMC 3676139 $2. PMID 23596293. 
  35. ^ Woo PC, Lau SK, Lam CS, Lau CC, Tsang AK, Lau JH, Bai R, Teng JL, Tsang CC, Wang M, Zheng BJ, Chan KH, Yuen KY (Nisan 2012). "Discovery of seven novel Mammalian and avian coronaviruses in the genus deltacoronavirus supports bat coronaviruses as the gene source of alphacoronavirus and betacoronavirus and avian coronaviruses as the gene source of gammacoronavirus and deltacoronavirus". Journal of Virology. 86 (7). ss. 3995-4008. doi:10.1128/JVI.06540-11. PMC 3302495 $2. PMID 22278237. 
  36. ^ "Koronavirüs". 7 Temmuz 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  37. ^ Cruz JL, Sola I, Becares M, Alberca B, Plana J, Enjuanes L, Zuñiga S (Haziran 2011). "Coronavirus gene 7 counteracts host defenses and modulates virus virulence". PLoS Pathogens. 7 (6). ss. e1002090. doi:10.1371/journal.ppat.1002090. PMC 3111541 $2. PMID 21695242. 
  38. ^ Cruz JL, Becares M, Sola I, Oliveros JC, Enjuanes L, Zúñiga S (Eylül 2013). "Alphacoronavirus protein 7 modulates host innate immune response". Journal of Virology. 87 (17). ss. 9754-67. doi:10.1128/JVI.01032-13. PMC 3754097 $2. PMID 23824792. 

Dış bağlantılar