Fenner efterträdde 1805 Christopher Ellery som senator för Rhode Island. Han avgick 1807 från senaten för att tillträda som guvernör. Fenner inledde sin politiska karriär som demokrat-republikan och som anhängare av Thomas Jefferson.
Thomas Wilson Dorr ledde ett väpnat uppror i Rhode Island 1841-1842. Som följd av upproret grundades Law and Order Party of Rhode Island som förespråkade lag och ordning. Fenner valdes sedan till guvernör som det nya partiets kandidat. Han förlorade guvernörsvalet 1845 mot Charles Jackson som efter att ha tillträtt guvernörsämbetet släppte rebelledaren Dorr från fängelset.
Fenners grav finns på begravningsplatsenNorth Burial Ground i Providence.