Поред руковођења санитетском службом у војним јединицама, активно је радио на на образовању и усавршавању партизанских санитетских радника. У чланство Комунистичке партије Југославије (КПЈ) примљен је 1942. године.
После завршетка рата, 1945. године, као лекар је наставио професионалну каријеру у Југословенској народној армији (ЈНА). Упоредо са службом у армији, наставио је на стручном усавршавању — специјализовао је неуропсихијатрију и завршио студије психологије на Филозофском факултету у Загребу.
У ЈНА се налазио на функцијама — начелника санитетског одељења армије; управника Главне војне болнице ЈА, од маја до децемабра 1949; начелника санитетског одељења Команде Југословенског ратног ваздухопловства (ЈРВ); управник психијатриске болнице „Врапче“ у Загребу, од 1953. до 1954. и начелника Војномедицинске академије (ВМА), од марта 1959. до фебруара 1971. године (најдуже се налазио на овој функцији). Пензионисан је 1971. године.
Био је ванредни професор Војномедицинске академије и ванредни професор из предмета психологија на Филозофском факултету у Нишу. Такође је био активан члан Светске здравствене организације за организацију здравствене службе.
Два пута се женио. Из првог брака са проф. Дором Кроњом, девојачко Бубаш, географом и партизанском болничарком имао је два сина - Милована Меду (1943—2002) и Радована Кроњу (1946). Од 1967. године био је у браку са економистом Миленом Кроњом, девојачко Ковачевић.
Проф др Томислав Кроња био је аутор и коаутор следећих стручних монографија и издања:
Медицински део у Народном учитељу Васе Пелагића, 1950-их година.
Ментална хигијена у војсци. Војномедицинска документација, Београд 1964. године.
Психолошка разматрања у руковођењу у армији. Војноизадвачки завод, Београд 1966. године.
Војни старешина и линост војника у миру и рату. Народна армија, Београд 1970. година (књигу је посветио мајци Анки, која је била партизански борац).
Психолошка припрема активних и резервних старешина са савремени рат. „Народна армија“, Београд 1970. година (коаутор са проф. др Бранком Свећенским, санитетским пуковником).
Дневник једног психијатра. „Медицинска књига“, Београд-Загреб 1972. година.
Основи војне психологије. Војноиздавачки завод, Београд 1973. године.
Љубав, секс и породица. „Слобода“, Београд и „Дневник“, Нови Сад 1981. годин (коаутор са Драгомиром Младеновићем, Војином Матићем, Владиславом Клајном, Владетом Јеротићем и Ђорђем Богићевићем).