Природне науке је студирао на универзитетима у Београду и Греноблу. Био је предавач неколико биолошких дисциплина на Универзитету у Београду, где је 1934. године изабран за редовног предавача.
За дописног члана САНУ изабран је 1934. године, а за редовног 1946. године. Био је члан Комисије за обнову универзитета од 1944. године.
Док је Србија била окупирана у Другом светском рату био је члан Главног народнослободилачког одбора. Велики део рата је провео у концентрационом логору на Бањици одакле је крајем рата побегао и илегално живео у окупираном Београду.
После ослобођења био је председник Народноослободилачког фронта Београда, АСНОС-а, а од 1944. до 1953. године био је председник Президијума Народне скупштине Србије.
У послератном периоду заступао је Југославију на међународним скуповима и радио на обнављању научне делатности.
Синиша Станковић је један од утемељивача еколошког правца у биологији.
Бавио се и проучавањем живих бића у језерима, али и у другим слатким водама, као и проблемима биогеографије.
Његови најзначајнији радови настали су на основу испитивања живота у Охридском језеру.
