Јовановић је почео да тренира фудбал у родном Ариљу, да би 2001. године прешао у млађе категорије београдског Партизана.[1] Као сениорски фудбалер дебитовао је у клупској филијали Телеоптику а за први тим Партизана је заиграо од сезоне 2007/08.[2] Дебитантски наступ у дресу Партизана имао је на Куп утакмици са Сремом док је у првенственим утакмицама дебитовао у вечитом дербију.[1] У наредне четири сезоне са Партизаном је освојио исто толико титула првака државе, три пута је био освајач Купа а био је и део генерације која је играла групну фазу Лиге шампиона у сезони 2010/11.[3] Од сезоне 2011/12. заиграо је за пољског прволигаша Вислу из Кракова.[4] У српски фудбал се вратио лета 2015. вратио када је потписао за Вождовац.[5] Након полусезоне у Вождовцу, Јовановић се 23. децембра 2015. вратио у Партизан.[6][7] Провео је у Партизану остатак такмичарске 2015/16. у којој је освојен Куп Србије. По одласку из Партизана играо је у израелској Бнеј Јехуди и грчкој Лариси након чега се за такмичарску 2018/19. вратио у Вождовац.[8] Затим га је каријера одвела у Републику Српску, Премијер лига БиХ, где је 30. јуна 2019. године, потписао једногодишњи уговор са бањалучким Борцем.[9] У новембру исте године је продужио уговор са Борцем до 2023.[10] Са бањалучким клубом је освојио титулу првака Босне и Херцеговине у сезони 2020/21.[11] Након две и по године у Борцу, Јовановић је у јануару 2022. раскинуо уговор са клубом.[12] Прикључио се затим новосадском Пролетеру са којим је на крају такмичарске 2021/22. испао из Суперлиге Србије.[13][14] У јуну 2022. потписао је за Железничар из Панчева, члана Прве лиге Србије.[15] Са екипом Железничара је изборио пласман у Суперлигу Србије по први пут у клупској историји.[16] Наступао је за панчевачки клуб у Суперлиги и током првог дела такмичарске 2023/24. да би током зимске паузе завршио играчку каријеру.[17]
У децембру 2024. године након одласка Саве Милошевића са клупе Партизана, Марко Јовановић иако нема потребну тренерску лиценцу (ПРО) добија прилику да води први тим ФК Партизан. [18]
Репрезентација
У августу 2008. године, селектор олимпијске репрезентације Србије Мирослав Ђукић је уврстио Јовановића на коначан списак играча за Олимпијске игре 2008. у Пекингу.[19] Србија је такмичење на Олимпијском турниру завршила у групној фази након што је из три меча имала два пораза и један нерешен резултат, а Јовановић је наступио на све три утакмице.
