Ја сам још као средњошколац, непосредно пред рат, био захваћен тим такозваним напредним покретом. Примљен сам у СКОЈ 1941. године, пре него што се за покрет мога оца и знало… Био сам инфициран, индоктриниран…
Крајем 1941. године, Јелица, Бранко и Гордана су се вратили у Београд, где их је ухапсио Гестапо и кратко држао у затвору на Обилићевом венцу. Поново су ухапшени у јануару 1942. године и одведени у Бањички логор. Пуштени су током марта и у јулу се склонили у село Кадина Лука код Љига. Пошто је Српска државна стража у првој половини септембра извршила рацију и ухапсила Јелицу, која је поново одведена у логор на Бањици, Бранко и Гордана су се вратили у Београд. Привремено су живели на Бежанији, а Јелица је сазнала да ће и њих довести, па им је поручила да се склоне. Бранко је покушао да преко другова из СКОЈ-а оде у партизане, али они нису били заинтересовани да му помогну.[3] Евакуисала их је четничка београдска илегала и пребацила у Косјерић, где проводе већи део 1943. и 1944. године.
Пошто је један део Горданиног личног дневника, која је такође припадала СКОЈ-у, преко Драгише Васића и Николе Калабића дошао до њиховог оца, он их је оштро укорио речима да га цела Србија поштује, али не и његова деца.[4] Бранко је одрицао постојање било какве сарадње ЈВуО са окупационим снагама и тврдио да је му ништа нарочито није сметало унутар ЈВуО:
...одмах да кажем, нисам видео никакву сарадњу са Немцима, јер сарадње није ни било. (...) Док сам био са четницима, ја сам са свима био добар. То је била двина група. Група равногорских омладинаца у Косјерићу, са којом сам се дружио, били су дивни дечаци и ту никаквих проблема није било...
Одбио је предлог Милорада Драшковића да учествује на Првом конгресу Југословенске равногорске омладине у Прањанима, 13. и 14. јануара1944. године. Од априла до маја 1944. године је завршио Школу за резервне официре у Брајићима и стекао чин резервног потпоручника. Додељен је Пратећој чети Косјерићке бригаде ЈВуО. Бригада је укључена у састав Петог јуришног корпуса Четврте групе јуришних корпуса под командом мајора Драгослава Рачића и борила се против партизана у Топлици. Међутим, Бранко је убрзо враћен у Косјерић, због лошег понашања и више му није дато оружје.[5] Иако ће касније тврдити да није испалио ниједан метак на партизане, узевши у обзир његов распоред у овим догађајима, остаје упитно.[1]
У селу Рошци се сусрео са мајком, која је јануара 1944. године пуштена из Бањичког логора на захтев генерала Милана Недића и Хермана Нојбахера, као гест добре воље, не би ли приволели Михаиловића на сарадњу. Тада се она сусрела са супругом, једини пут током читавог рата, а ту су били Бранко и Гордана.
Прелазак у партизане
У Субјелу се 1944. године последњи пут видео са оцем. Тада му је показао дурбин са посветом, који је добио од британског фелдмаршала Харолда Александера, врховног савезничког заповедника Медитерана. Бранко и Гордана су се налазили у Косјерићу, где их је чувала група коју су чинили Мијалко Перишић, Остоја Савић и Лука Јевтић. И даље под снажним утицајем марксистичке литературе, Бранко је решен да пребегне партизанима, али се самостално није одлучивао на такав потез.
У Политици је 31. октобра1944. године, изашао чланак под насловом "Деца Драже Михаиловића одричу се свога недостојног оца", уз пратећу фотографију на којој су Бранко и Гордана док потписују изјаве.[6] Сличне прилоге су доносили и други листови, попут Борбе. Бранко је касније тврдио како се не сећа шта је стајало у тој изјави и да ју је написао код Пека Дапчевића у штабу Првог пролетерског корпуса.[7]
Научили су ме да мрзим. Ја нисам знао да мрзим до Голог отока. Ја сам ратовао против Немаца, али нисам мрзео Немце. (...) Да мрзим Јосипа Броза, да мрзим ту Партију. Видим, одједном, да је то све једна огромна превара, да је то банда, да је све било зарад освајања и доласка на власт...
...имао сам срећу да уопште нисам учествовао у грађанском рату. Ја нисам испалио ни један метак ни на четнике ни на партизане. Оно право што сам учествовао у рату - то је Сремски фронт. (...) ...према нама су били само усташе и Немци.
Тада је говорио да је тек тих година из бројних књига научио много о догађајима и личностима из рата[10]:
...то су били Равногорци, патриоте, антифашисти, часни људи. Срби. Браниоци Отаџбине... Додуше, међу четницима је било појединих људи, појединих делова који су и ово и оно, али без основа је бачена љага на цео покрет на водећу личност, знате... А какве су све злочине чинили партизани?! Матица Равногорског покрета била је чиста, а Матица Брозовог покрета је била нечиста, антисрпска...
У разговору са књижевником и новинаром Гораном Лазовићем 1992. године, Бранко је рекао[11]:
Причали су ми да је тата живео у једној кући поред Барајева, да је држан у изолацији и да је наводно умро 1953. Други су га опет сретали на Теразијама, чудили се с каквом мирноћом разгледа излоге и једе трешње. Чуо сам и причу по којој је мој отац свакодневно играо карте са Ранковићем...
Бранко Михаиловић је умро 1995. године у Београду.
Чланци о армијском генералу Драгољубу Михаиловићу, начелнику Штаба Врховне команде Југословенске војске у отаџбини и министару војске, морнарице и ваздухопловства у Влади Краљевине Југославије у егзилу