Фудбалски клуб Лудогорец је основан 1945. године. У сезони 1961/62. први пут се пласирао у Другу лигу. У првих 65 година клуб је углавном играо другу и трећу лигу. Године 2001. клуб је расформиран.
Иницијатори за поновно оснивање клуба били су Александар Александров и Владимир Димитров па је тако нови фудбалски клуб основан 18. јуна2001. године под именом Лудогорие. Клуб је почео да се такмичи од најнижег степена такмичења у Бугарској. Године 2002. године је клуб променио име у Разград 2000 након уједињења са истоименим омладинским клубом. Разград је неколико пута освајао своју групу, али није имао новчаних средстава да пређе у виши ранг. Ипак у сезони 2005/06. Лудогорец је поново био први и пласирао се у трећу лигу.
У сезони 2009/10. клуб се пласирао у Другу лигу Бугарске. Године 2010. клуб је добио лиценцу да преузме историју од расформираног клуба Лудогорец Разграда. У јулу 2010, за тренера је именован Ивајло Петев. У септембру је Лудогорец купио бизнисмен Кирил Домусчиев са намером да донесе Лудогорецу пласман у Прву лигу. Дана 28. маја то је и остварио и Лудогорец се први пут пласирао у највиши ранг Бугарског фудбала.[1]
Прву сезону у Првој лиги Лудогорец је кренуо са неколико квалитетних појачања, па је тако први пораз претрпео тек у 10. колу када су поражени од Литекса у Ловечу са 2:1. У 15. колу играли су нерешено 2:2 у Софији са ЦСКА, а том утакмицом се и завршио први део сезоне после које је Лудогорец био на првом месту. Након три узастопна пораза у пролећном делу сезоне Лудогорец је изгубио вођство на табели. Међутим победом од 1:0 над ЦСКА из Софије у последњем колу Лудогорец је завршио на првом месту са само једним бодом више од ЦСКА. Победоносни гол за прву шампионску титулу постигао је Мирослав Иванов.[2] Најбоља сезона у историји клуба завршила се освајањем купа победом над Локомотивом из Пловдива.[3]
У августу 2012. Лудогорец је освојио и Суперкуп победом над Локомотивом из Пловдива и тако постао први клуб у историји Бугарског фудбала који је у својој првој сезони у највишем рангу такмичења освојио три трофеја.
У Европи су дебитовали у 2. колу квалификација за Лигу шампиона у сезони 2012/13. против Динама Загреб. У првом мечу је било 1:1, да би у другом мечу изгубили са 3:2 голом у 98. минуту.[4]
Лудогорец је сезону 2012/13. почео са 8 победа у низу, а први део сезоне је као и прошле године завршио на првом месту уз само један пораз и седам примљених голова на 15 утакмица. Међутим у бугарском купу је елиминисан већ у шеснаестини финала од ЦСКА из Софије. У 28. колу у првенству Бугарске су поражени од Левског у Софији са 1:0 и тако прво место препустили Левском. У 29. колу обе екипе су победиле. У последњем 30. колу Лудогорец је морао да победи клуб Монтана који је већ испао, али и да се нада да Левски неће победити. То се и десило, Лудогорец је победио 3:0, а Левски је на свом терену одигра 1:1 са градским ривалом Славијом. Ови драматични догађаји донели су Лудогорецу другу титулу првака Бугарске.
Свој други меч у суперкупу Лудогорец је играо 10. јула2013. против освајача бугарског купа Берое из Старе Загоре. У регуларном делу меча било је 1:1, а након пенала са 5:3 су били бољи играчи Берое.
Стадион
Лудогорец Арена
Лудогорец игра на Лудогорец арени. Стадион је отворен 21. септембра2011. године.[5] Капацитет стадиона је 12.500 места за гледаоце, поседује рефлекторе и има 1.500 паркинг места. Задовољава стандарде УЕФЕ и на њему могу да се играју европска такмичења.[6]
