Споразум је поставио садашњу политичку поделу и структуру власти земље и задужио велики број међународних организација да надгледају, надзиру и спроводе елементе споразума. Упркос дејтонском миру реалност представља тежак изазов. Поставља се питање независности Републике Српске, једног од ентитета Босне и Херцеговине у којој 90% популације чине Срби.
На захтеве Срба за самоопредељење у Босни, муслиманска страна је одговорила све учесталијим захтевима за укидањем Републике Српске. Премијер Републике Српске Милорад Додик је 27. маја2006. изјавио да би „током расправе о уставним променама могао да инсистира на дефинисању БиХ као федералне државе“.
Један од оснивача Демократске странке, отац председника СрбијеБориса Тадића, Љубомир Тадић изјавио је да је то „једини логични след догађаја“. Министар у Влади Републике Србије Ђорђе Мамула, заменик председника Српске радикалне странке Томислав Николић и многи други су такође јавно позвали да се Србима у Републици Српској обезбеди право да одлучују о својој судбини.
Представници Европске уније су поручили да је референдум немогућ, јер се коси са Дејтонским мировним споразумом. Бивши премијер СрбијеЗоран Ђинђић још 2002. године позвао на „ревизију Дејтонског споразума, уколико дође до независности Косова“.
Пре рата у БиХ, Хрвати су били најмалобројнији од три народа у БиХ; и многи од њих верују да су у постојећој политичкој подели земље остали кратких рукава. У Херцеговини, традиционалном бастиону „тврдог“ хрватства, многи позивају на формирање трећег ентитета. Други Хрвати се, међутим, томе противе и сматрају да БиХ треба да остави иза себе сепаратизам и крене у мултиетничку будућност.
Више од десет година после потписивања Дејтонског мировног споразума нека питања остају неразрешена за многе у Босни. Дејтонским споразумом је обезбеђен мир и успостављени су услови да се земљи омогући да се среди. Наредних 10 година показаће се значајним за будућност Босне, посебно док се суочава са повезаним изазовима економског опоравка, уставне реформе и напорима за даљу интеграцију у Европу кроз чланства у НАТО-у и Европској унији.
Ademović, Nedim; Marko, Joseph; Marković, Goran (2012). Ustavno pravo Bosne i Hercegovine(PDF). Sarajevo: Konrad Adenauer Stiftung. Архивирано из оригинала(PDF) 12. 02. 2017. г. Приступљено 11. 02. 2017.
Arnautović, Suad (2009). Političko predstavljanje i izborni sistem u Bosni i Hercegovini u XX stoljeću. Sarajevo: Promocult.
Bursać, Dejan (2016). „Dejtonski veto igrači u političkom sistemu BiH”(PDF). Dvadeset godina od Dejtonskog mirovnog sporazuma — Trajni mir ili trajni izazovi? Zbornik radova. Beograd: Univerzitet u Beogradu — Fakultet političkih nauka: 87—99.
Kovačević, Despot (2016). „Implikacije Dejtonskog sporazuma na partijski sistem BiH”(PDF). Dvadeset godina od Dejtonskog mirovnog sporazuma — Trajni mir ili trajni izazovi? Zbornik radova. Beograd: Univerzitet u Beogradu — Fakultet političkih nauka: 101—114.
Simić, Jasminka (2016). „Efekti Dejtonskog mirovnog sporazuma”(PDF). Dvadeset godina od Dejtonskog mirovnog sporazuma — Trajni mir ili trajni izazovi? Zbornik radova. Beograd: Univerzitet u Beogradu — Fakultet političkih nauka: 69—85.
