Женска фудбалска репрезентација Естоније (ест.Eesti naiste jalgpallikoondis) је национални фудбалски тим који представља Естонију на међународним такмичењима и под контролом је естонијског Фудбалског савеза (ест.Eesti Jalgpalli Liit), владајућег тела за фудбал у Естонији.
Естонија је прву међународну утакмицу одиграла 19. августа 1994. године против Литваније. Домаћи терен репрезентације је стадион Лилекула у Талину, а тренутни менаџери су Анастасија Морковкина и Сирје Рупс. Естонија се никада није квалификовала за Светско првенство за жене или европско првенство за жене. Од достигнућа, освојиле су годишњи женски Балтички куп 10 пута.
Достигнућа
Утакмице и голови од 28. јун 2022.
Играчи чија су имена означена подебљаним словима су и даље активни, барем на клупском нивоу.