Posle završetka rata, radio je kao funkcioner u Slovačkoj i partijski radnik u KP Čehoslovačke. Godine 1950, bio je osuđen u čistkama partijskog rukovodstva i osuđen na doživotni zatvor. Kaznu je služio od 1954. do 1960. godine u zatvoru Leopoldov. Tokom procesa destaljinizacije 1960, oslobođen je iz zatvora, ponovno se aktivirao u politici zemlje i do 1963. godine ponovno postao član KP Čehoslovačke. Godine 1967, bio je jedan od kritičara konzervativnog rukovodstva, zbog čega je dolaskom liberalne struje u aprilu1968. godine bio postavljen za zamenika premijera.
Po sve većem pritisku iz Sovjetskog Saveza da se zaustave reforme u Čehoslovačkoj, Husak je počeo da poziva na oprez. nakon sloma Praškog proleća, učestvovao je u čehoslovačko-sovjetskim pregovorima o poništavanju liberalnih reformi. Zbog svog pragmatičnog stava tokom pregovora, Moskva ga je podržala za sekretara Komunističke partije Slovačke u avgustu1968, a nakon pada Aleksandra Dubčeka, postao je i novi sekretar KP Čehoslovačke aprila 1969. godine. Posle toga je poništio sve Dubčekove liberalne reforme i udaljio iz partije sve liberale. Godine 1975, bio je izabran za predsednika Čehoslovačke.
Njegov period vladavine obeležila je tzv. politika normalizacije, kojom se nastojala normalizovati atmosfera u državi nakon sloma Praškog proleća. Iako je Husak nakon Praškog proleća osigurao rast standarda stanovništva i omogućio neke slobode, s vremenom je postajao sve konzervativniji. Početkom 1970-ih, Husak je svima uklonjenima iz partije nakon sloma Praškog proleća dopustio da ponovno postanu članovi, ali su se morali javno odreći stavova koje su zastupali za vreme Dubčekove vladavine.
Dolaskom Gorbačova na vlast u SSSR-u, mlađi funkcioneri su od Husaka počeli da zahtevaju reforme i liberalizaciju zemlje. Međutim, on je ubrzo dao ostavku na mestu sekretara KP Čehoslovačke 1987, a nasledio ga je mlađi Miloš Jakeš. Tokom promena koje su zahvatile Čeholsovačku krajem 1989. godine, Husak je bio prinuđen dati ostavku na mesto predsednika 10. decembra. Februara1990, isključen je iz KP Čehoslovačke, te je ubrzo i umro 18. novembra 1991. godine.