Odrastao u seljačkoj porodici, sa 16 godina se upisao na vojnu akademiju i nakon toga brzo napredovao u redovima argentinske vojske. 1930-ih je bio vojni ataše u u MussolinijevojItaliji, gdje je razvio sklonost prema fašizmu.
Godine 1943. sudjelovao je u vojnom udaru protiv demokratske vlade, i sudjelovao u pučističkoj vladi. Krajem 1945. se razišao sa pučistima, bio prisiljen na ostavku i kraće vrijeme uhapšen. Međutim, popularnost njegova tadašnja supruga Eve Peron i sindikalne demonstracije su natjerale vlastodršce da ga puste, a godine 1946. je pobijedio na predsjedničkim izborima.
Peron je kao predsjednik uveo cijeli niz reformi s ciljem nacionalizacije industrije, smanjenja utjecaja stranih - prvenstveno britanskih tvrtki - na politiku zemlje, te poboljšanja socijalnog položaja najsiromašnijih slojeva. Peronova ideologija - koju je opisivao kao treći put između socijalizma i kapitalizma - se danas naziva peronizam.
Peron je za predsjednika izabran 1951. godine, ali se nakon smrti Eve našao sve više politički izoliran. Godine 1955. je zbačen u vojnom udaru i protjeran u Španiju.
Kada je u Argentini nakon osamnanest godina ponovno uspostavljena demokracija, Peron se vratio i glatko pobijedio na izborima. Međutim, bio je teško bolestan i nije bio u stanju spriječiti sve krvavije obračune između lijeve i desne frakcije svojih pristaša.
Nakon smrti ga je naslijedila supruga Isabel Peron.