Honduras je dosad tri puta nastupao na Svjetskim prvenstvima; prvi put su nastupili 1982. godine, kada su osvojili 18. mjesto, što im je i najbolji plasman na tom natjecanju. Na kontinentalnom CONCACAF Prvenstvu su 1981. godine postali prvaci, a imaju i osvojeno treće mjesto na Copi Américi (2001.).
Kroz povijest, Honduras je imao izraženo rivalstvo s reprezentacijom Salvadora, što je bila posljedica hladnoratovskih političkih tenzija između susjednih zemalja. Godine 1969., te su dvije zemlje čak i zaratile nakon kvalifikacijskih utakmica za Svjetsko prvenstvo 1970. godine u kratkotrajnom sukobu koji je dobio naziv Nogometni rat zbog nereda na tim utakmicama.
Godine 1935. osnovan je Nacionalni autonomni nogometni savez Hondurasa (FENAFUTH), čime je nogometna igra u zemlji stavljena pod ingerenciju nacionalnog saveza. FENAFUTH se 1946. godine pridružio FIFA-i, čime je Honduras dobio mogućnost sudjelovati na natjecanjima u organizaciji krovne nogometne federacije. Godine 1961., FENAFUTH je bio jedan od saveza koji su sudjelovali u osnivanju CONCACAF-a.[2]
Krajem 60-ih godina, hladnoratovske tenzije između države Honduras i Salvadora dosegle su svoj vrhunac. U jeku tih poraslih tenzija, nogometne reprezentacije Hondurasa i Salvadora su u lipnju 1969. godine trebale igrati dvije kvalifikacijske utakmice za FIFA Svjetsko prvenstvo 1970. godine. Prva utakmica odigrana je 8. lipnja1969. godine u Tegucigalpi, a Honduras je pobijedio golom Leonarda Wellsa u 89. minuti utakmice; tokom utakmice je došlo do manjih sukoba među navijačima.
Uzvratna utakmica odigrana je tjedan dana kasnije, 15. lipnja1969. godine, u San Salvadoru. Salvador je uvjerljivo pobijedio u toj utakmici, a ovu je utakmicu popratilo još veće nasilje nego u Hondurasu.[3] Uz to, honduraški igrači su trpjeli zlostavljanje od strane Salvadoraca, koji su ih napali u hotelu te bacali na njih jaja i mrtve štakore; honduraški navijači su brutalno fizički napadani na stadionu, a Salvadorci su se otvoreno izrugivali honduraškoj himni i zastavi. Kako je rekao tadašnji honduraški izbornik, Mario Griffin, njegovi su igrači bili sretni što su izgubili utakmicu i živi se vratili kući.[4]
Iako je Salvador imao bolju gol razliku u dva susreta, tada su vrijedila pravila da se gledaju samo bodovi, tako da su Honduras i Salvador bili izjednačeni te se morala odigrati treća utakmica kako bi se znalo koja reprezentacija prolazi u posljednji kvalifikacijski krug, gdje je čekala reprezentacija Haitija. Majstorica je zakazana za 27. lipnja1969. godine u Ciudad de Méxicu, a mediji su zbog rastućih tenzija bili izrazito zainteresirani za utakmicu. Salvador je na koncu pobijedio nakon produžetaka te izborio posljednji krug, gdje je na koncu dobio Haiti i kvalificirao se na prvenstvo.
Ipak, ova posljednja utakmica ostala je značajnija po svojim političkim implikacijama te se često citira kao prvi "ratni sukob" između dvaju zemalja, koji će kulminirati niti mjesec dana kasnije. Naime, na sam dan treće utakmice, Salvador je raskinuo sve diplomatske odnose s Hondurasom,[5] navodeći kako je preko 10,000 Salvadoraca bili prisiljeno napustiti Honduras između druge i treće utakmice te kako honduraške vlasti sustavno ignoriraju zločine koji se događaju prema njihovim državljanima. Nogometaši su tako na terenu "ratovali" za svoje države, a cjelokupna atmosfera na terenu, ali i na tribinama potakla je poljskog novinara, Ryszarda Kapuścińskog, da cijelom sukobu da ime "Nogometni rat".[6]
Iako dvije države još uvijek nisu ratovale u ovom trenutku, vojska Salvadora će već 14. srpnja1969. godine napasti Honduras.
Sljedeći veliki uspjeh bilo im je drugo mjesto na Gold Cupu 1991. godine, gdje su izgubili u finalu od domaćina, Sjedinjenih Američkih Država. Unatoč visokoj pobjedi (11:3) protiv Svetog Vincenta i Grenadina, pobjeda Jamajke protiv Meksika zaustavila je Honduras u kvalifikacijama za FIFA Svjetsko prvenstvo 1998. tik prije posljednjeg kvalifikacijskog kruga; Jamajka će na kraju izboriti nastup na prvenstvu. Reprezentacija je bila u nešto boljoj poziciji tokom kvalifikacija za FIFA Svjetsko prvenstvo 2002. godine, međutim minimalni poraz od Trinidada i Tobaga u utakmici u kojoj je Honduras pogodio vratnicu čak sedam puta pozicionirao ih je jedno mjesto ispod posljednjeg koje je vodilo na svjetsku smotru.
Reprezentacija se uspjela kvalificirati za prvenstva 2010. i 2014. godine, međutim u oba je nastupa osvojila tek jedan bod (remi protiv Švicarske2010. godine). Od 1993. do 2017. godine su četiri puta osvajali Copu Centroamericanu.
Praksa da zemlje izvan CONMEBOL-a, temeljem pozivnice, nastupaju na Copi Américi uvedena je tek od 1993. godine, sukladno čemu nisu navedena ranija izdanja turnira.
