Начал карьеру в команде «Динамо» (Дрезден), когда он присоединился к молодежному составу клуба в девять лет в 1976 году. Дебютировал за взрослую команду под руководством своего отца Клауса Заммера в сезоне 1985/86. Играя на позиции нападающего, забил восемь голов в первом сезоне, а «Динамо» закончило чемпионат на пятом месте в Оберлиге ГДР. После того, как в следующем сезоне новым менеджером стал Эдвард Гейер, он нашёл свое оптимальное место в центре полузащиты во время сезона 1987/88.
В сезоне 1988/89 Заммер с командой выиграл чемпионат ГДР. В этом же сезоне клуб достиг полуфинала Кубка УЕФА, где проиграл «Штутгарту». В следующем году динамовцы выиграли лигу и кубок, защитив чемпионский титул, а также победив в 1990 году в кубке ГДР.
«Штутгарт»
Летом 1990 года Заммер стал игроком «Штутгарта». В своём дебютном сезоне в Бундеслиге отличился 11 раз, став вторым среди бомбардиров своей команды и поделив место в топ-10 чемпионата. Клуб занял шестое место, дающее путёвку в Кубок УЕФА. В следующем сезоне Заммер отметился девятью голами, а клуб стал чемпионом.
«Интернационале»
После двух сезонов в «Штутгарте» Маттиас присоединился к миланскому «Интеру». Несмотря на сравнительно успешное выступление (4 гола в 11 матчах, включая важный мяч в ворота «Ювентуса» в Дерби Италии), игрок не смог адаптироваться в Италии, и в январе 1993 года вернулся на родину.
В следующем сезоне главный тренер команды Оттмар Хитцфельд перевёл Заммера из полузащиты на позицию либеро. В этой роли Заммер провёл следующие пять сезонов. В 1995 и 1996 годах «Боруссия» стала сильнейшем клубом Германии, а в 1997 году стала победителем Лиги чемпионов и обладательницей Межконтинентального кубка. Кроме того, под лидерством Заммера «Боруссия» завоевала два Суперкубка Германии в 1995 и 1996 годах.
Следующий сезон стал для Заммера последним: серьёзная травма колена, после которой он так и не смог восстановиться, прервала карьеру игрока в 1998 году[1].
Международная карьера
Заммер выступал за команды ГДР различных молодёжных и юношеских возрастов, а в 1987 году дебютировал в основной сборной ГДР.
В 1990 году он начал выступать в составе объединённой сборной Германии, став в её составе первым выходцем из ГДР. Примечательно, что в отборочном цикле чемпионата Европы 1992 года Маттиас успел сыграть за две сборные, принеся своим дублем в стартовом матче победу над Бельгией. Позднее этот матч (который стал последним в истории сборной ГДР) был признан товарищеским, а Заммер оказался в составе сборной Германии. На самом Евро Заммер помог своей команде добраться до финала. Чемпионат мира 1994 Заммер также провёл на высоком уровне.
Пиком игровой карьеры для него стал Евро-1996, ставший для сборной Германии победным. Наряду с Юргеном Клинсманом Заммер был лидером «бундестим», демонстрировал яркую игру и сумел отличиться двумя голами: в ворота сборной России на групповом этапе и в ворота сборной Хорватии в четвертьфинале (этот гол стал победным). По итогам турнира Маттиас был признан лучшим его игроком, однако он стал последним в его международной карьере.
Тренерская карьера
В апреле 2000 года Заммер вошёл в тренерский штаб дортмундской «Боруссии», который возглавил опытный тренер Удо Латтек[2]. «Шмели» боролись за выживание в Бундеслиге и тренерскому дуэту удалось спасти команду от вылета. После этого Латтек покинул команду, а пост главного тренера занял Маттиас. Уже в следующем сезоне «Боруссия» стала третьей, а в 2002 году завоевала чемпионский титул. В том же году дортмундцы дошли до финала Кубка УЕФА, где со счётом 2:3 уступили нидерландскому «Фейеноорду». Следующие два сезона Заммер продолжал тренировать команду, однако её результаты были скромнее.
В 2004 году Заммер возглавил «Штутгарт»[3], с которым продемонстрировал достойный результат, заняв по итогам сезона 5-е место и получил путёвку в Кубок УЕФА. После этого сезона, 3 июня 2005 года, Маттиас принял решение завершить тренерскую карьеру[4].
Административная карьера
С февраля 2006 по июль 2012 года Заммер занимал пост спортивного директора Немецкого футбольного союза. На этом посту внёс заметный вклад по выводу немецкого футбола из кризиса, разразившегося в конце 1990-х годов. Сборная Германии за этот период стала серебряным призёром Евро-2008 и бронзовым призёром чемпионата мира 2010, была сформирована основа той команды, которая в 2014 году выиграла «мундиаль».
В июле 2012 года Заммер занял аналогичную должность в мюнхенской «Баварии»[5]. Период его работы в этом клубе запомнился громкими приобретениями (состав мюнхенцев пополнили Хави Мартинес, Роберт Левандовский, Матс Хуммельс, Марио Гётце, Артуро Видаль и другие известные игроки, а пост главного тренера занял Хосеп Гвардиола), а также завоеванием «требла». После четырёх лет работы Заммер ушёл в отставку по состоянию здоровья[6][7].
В марте 2018 года стало известно, что Заммер вернулся в дортмундскую «Боруссию», но уже в качестве консультанта клуба[8][9].