Хосеба начинал свою карьеру в другом баскском клубе — «Реал Сосьедад», после чего перешёл в «Атлетик» более чем за 3 млн евро в пересчёте на современные деньги[источник не указан 2524 дня]. На тот момент это был самый дорогой трансфер игрока, не достигшего 18-ти лет, в испанском и баскском футболе[источник не указан 2524 дня].
1 октября 2008 года Эчеберрия подписал новый контракт с «Атлетиком», согласно которому будет выступать за него в сезоне 2009/10 бесплатно[3].
15 мая 2010 года Хосеба Эчеберрия сыграл в своём последнем матче за родной «Атлетик» против «Депортиво», в этом матче он отличился голевой передачей, а позже на 77 минуте был заменён на Токеро.
Прощальный матч
25 мая 2010 года баски попрощались с легендой клуба Хосебой Эчеберрией — в прощальном матче ветерану «Атлетика» противостояли дети в количестве 200 человек. Несмотря на численное преимущество, дети не смогли одержать победу у игроков «Атлетика» и проиграли, забив 3 мяча и пропустив 5 мячей[4].
