Второй этап Кубка Либертадорес 2013, также именуемый групповым этапом, прошёл с 5 февраля по 18 апреля 2013 года. По его итогам определились 16 участников 1/8 финала.

6 победителей первого этапа присоединятся к 26 командам, напрямую прошедшим во второй этап. 32 команды будут поделены на 8 групп по 4 команды.

Команды в каждой группе сыграют друг с другом по двух-круговой схеме с матчами дома и в гостях. Каждая команда получит 3 очка за победу, 1 - за ничью и 0 - за поражение. В случае равенства очков победитель определяется по следующим критериям:

1. Разница забитых и пропущенных мячей
2. Количество забитых мячей
3. Количество мячей, забитых в гостях
4. Жребий

Две лучшие команды из каждой группы проходят в 1/8 финала.

Жеребьёвка второго этапа состоялась 21 декабря 2012 в Луке, Парагвай в 11:00 по местному времени (UTC-4)^[1][2].

Условные обозначения
Команды, вышедшие в 1/8 финала

#	Команда Шаблон	И	В	Н	П	М	±	Очки
1	Насьональ (Монтевидео)	6	3	1	2	10 − 6	+4	10
2	Бока Хуниорс	6	3	0	3	7 − 7	0	9
3	Толука	6	2	2	2	8 − 11	−3	8
4	Барселона (Гуаякиль)	6	1	3	2	5 − 6	−1	6

---

---

---

---

---

#	Команда Шаблон	И	В	Н	П	М	±	Очки
1	Палмейрас	6	3	0	3	5 − 5	0	9
3	Тигре	6	3	0	3	9 − 10	−1	9
2	Либертад	6	2	2	2	11 − 10	+1	8
4	Спортинг Кристал	6	2	2	2	9 − 9	0	8

---

---

---

---

---

#	Команда Шаблон	И	В	Н	П	М	±	Очки
1	Атлетико Минейро	6	5	0	1	16 − 9	+7	15
2	Сан-Паулу	6	2	1	3	8 − 8	0	7
3	Арсенал (Саранди)	6	2	1	3	10 − 15	−5	7
4	Стронгест	6	2	0	4	8 − 10	−2	6

---

---

---

---

---

#	Команда Шаблон	И	В	Н	П	М	±	Очки
1	Велес Сарсфилд	6	4	1	1	10 − 3	+7	13
2	Эмелек	6	3	1	2	5 − 4	+1	10
3	Пеньяроль	6	3	0	3	7 − 7	0	9
4	Депортес Икике	6	1	0	5	5 − 13	−8	3

---

---

---

---

---

#	Команда Шаблон	И	В	Н	П	М	±	Очки
1	Коринтианс	6	4	1	1	10 − 2	+8	13
2	Тихуана	6	4	1	1	8 − 4	+4	13
3	Сан-Хосе	6	1	2	3	5 − 11	−6	5
4	Мильонариос	6	1	0	5	2 − 8	−6	3

---

---

---

---

---

#	Команда Шаблон	И	В	Н	П	М	±	Очки
1	Санта-Фе	6	4	2	0	9 − 4	+5	14
2	Реал Гарсиласо	6	3	1	2	8 − 7	+1	10
3	Депортес Толима	6	2	2	2	7 − 5	+2	8
4	Серро Портеньо	6	0	1	5	3 − 11	−8	1

---

---

---

---

---

#	Команда Шаблон	И	В	Н	П	М	±	Очки
1	Олимпия (Асунсьон)	6	4	1	1	16 − 7	+9	13
2	Ньюэллс Олд Бойз	6	3	0	3	11 − 10	+1	9
3	Универсидад де Чили	6	3	0	3	8 − 11	−3	9
4	Депортиво Лара	6	1	1	4	7 − 14	−7	4

---

---

---

---

---

#	Команда Шаблон	И	В	Н	П	М	±	Очки
1	Флуминенсе	6	3	2	1	5 − 5	0	11
2	Гремио	6	2	2	2	10 − 6	+4	8
3	Уачипато	6	2	2	2	10 − 8	+2	8
4	Каракас	6	2	0	4	6 − 12	−6	6

---

---

---

---

---

• Кубок Либертадорес на сайте КОНМЕБОЛ Архивная копия от 8 июля 2012 на Wayback Machine  (исп.) (англ.)
• Статистика, календарь  (исп.)
• Фотографии команд, турнирные таблицы, расписание игр, результаты матчей  (рус.)