Хуан Себастьян Верон родился в семье известного футболиста Хуана Рамона Верона, который большую часть карьеру провёл в составе «Эстудиантесе». Сын пошёл по стопам отца и оказался в школе данного клуба. Примечательно, что его Верон-старший получил от болельщиков прозвище «Ведьма» (исп.La Bruja), а сам Хуан Себастьян по аналогии получил прозвище «Ведьмочка» (исп.La Brujita). В 1994 году 19-летний Верон дебютировал в составе «крысоловов» и довольно быстро сумел стать лидером команды. Уже в это время молодой аргентинец выделялся тем, что мог играть как в опорной зоне, так и на позиции плеймейкера. Его сильными чертами были сильный поставленный удар и способность отдать точный пас на любое расстояние. В 1996 году он перешёл в один из сильнейших клубов Аргентины «Бока Хуниорс», однако выступал за него лишь полгода, поскольку уже тогда на него обратили внимание в Европе.
Летом 1996 года Верон стал футболистом «Сампдории». Генуэзский клуб на тот момент являлся середняком Серии А, однако сам факт выступления в одной из сильнейших лиг мира служил хорошим трамплином для дальнейшей карьеры полузащитника. Через два года он оказался в составе «Пармы», которая переживала лучший период в своей истории. По итогам единственного сезона в этом клубе Верон зарекомендовал себя в качестве одного из лучших полузащитников чемпионата Италии, а также выиграл первые трофеи в своей карьере — Кубок УЕФА и Кубок Италии.
Летом 1999 года Хуан Себастьян перешёл в «Лацио», полузащита которой с его приходом стала одной из лучших в мире (в римском клубе партнёрами Верона по центру поля стали Диего Симеоне, Сержиу Консейсау и Павел Недвед). При помощи Верона «бело-голубые» в год столетия клуба сумели выиграть «золотой дубль», став чемпионам и обладателем Кубка Италии.
Летом 2001 года аргентинец перебрался в английскую Премьер-лигу, перейдя в «Манчестер Юнайтед» за 30 млн. фунтов, установив трансферный рекорд Англии. Начало карьеры в составе «красных дьяволов» было многообещающим: уже в первом матче Хуан Себастьян отличился голевым пасом на Райана Гиггза, а в следующих шести играх забил четыре гола и был признан лучшим игроком лиги в сентябре 2001 года. Верону удалось сдружиться с партнёрами по команде и начать учить английский язык. Однако в вскоре в его карьере наступил спад: стать лидером команды полузащитнику не удалось, а лучшую свою игру он демонстрировал лишь эпизодически. Как позже признавался Алекс Фергюсон, ему просто не удалось найти подходящее место на поле для аргентинца.
Переход в «Челси» в 2003 году лишь усугубил игровой спад, поскольку в лондонской команде Верон провёл всего семь матчей, после чего получил тяжёлую травму, из-за которой был вынужден пропустить полгода. После возвращения в строй Хуан вернулся в Италии, на правах аренды став футболистом «Интера». Здесь Верон несколько реанимировал свою карьеру, периодически вновь демонстрируя игру высочайшего уровня. За это время полузащитнику удалось пополнить коллекцию трофеев четырьмя новыми титулами.
В результате в 2006 году Верон вернулся в родной «Эстудиантес», где обрёл вторую футбольную молодость и вновь вышел на свой лучший уровень. Аргентинец стал безоговорочным лидером и капитаном команды, организовывая игру в центре поля и раздавая многочисленные голевые передачи. Ему удалось привести «студентов» к победе в Кубке Либертадорес, а самому два сезона подряд признаваться лучшим игроком Южной Америки (2008, 2009) и лучшим футболистом Аргентины (2006, 2009).
В июне 2012 года Верон принял решение завершить футбольную карьеру, а уже через месяц занял пост спортивного директора «Эстудиантеса». Однако уже через год аргентинец принял решение возобновить игровую карьеру, продлив её ещё на год. 5 октября 2014 года был избран более чем 70 % голосов членов клуба президентом «Эстудиантеса»[3]. 28 декабря 2016, будучи президентом «Эстудиантеса», вновь возобновил карьеру игрока[4]. В 2017 году он сыграл шесть матчей, пять из которых пришлись на Кубок Либертадорес. Сыграв в континентальном турнире в возрасте 42 лет, Верон стал старейшим аргентинцем, когда-либо игравшим в Кубке Либертадорес, и единственным человеком, совмещающим пост президента клуба и игрока[5].
В 2010 году Диего Марадона включил 35-летнего Верона в состав сборной Аргентины на чемпионат мира 2010 года в ЮАР. Среди аргентинцев, заявленных на «мундиаль», Верон провёл наибольшее количество матчей за сборную, а по возрасту он уступал в команде только 36-летнему форварду Мартину Палермо.
Сын — Деян Верон, профессиональный футболист. Хуан Себастьян Верон назвал сына в честь Деяна Станковича, с которым дружит со времён их выступлений за «Лацио»[6]. Правда имя пришлось немного «подкорректировать»: Deian вместо Dejan. Это было сделано для того, чтобы аргентинцы произносили именно Деян, а не Дехан[7][8][9][10].