Исток реки расположен в предгорьях Бабуган-яйлы, в отложениях Верхне-юрского периода[5], в пределах Центральной котловины Главной гряды Крымских гор, на территории Крымского заповедника[6]. Началом служат три расположенных рядом родника, которые Н. А. Головкинский в работе 1893 года «Источники Чатырдага и Бабугана» обозначил, как Истоки р. Алмы с дебетом 243735 вёдер в сутки и температурой воды 7,6 °C[7]. Современными методами определена высота над уровнем моря в 687 м (для самого верхнего)[8] (в сборнике «Крымское государственное заповедно-охотничье хозяйство им. В. В. Куйбышева» 1963 года высота истока указана в 790 м, длина реки 2,3 км, уклон — 75 м/км[9]).
В средней части ущелья Бабуганки расположен Космо-Дамиановский монастырь, в котором реку питает источник Савлух-Су. Часть реки ниже источника на некоторых картах подписывается, как река Савлух-Су[10], а иногда её считают самостоятельной рекой[11]. Ниже монастыря вдоль реки проходит Романовское шоссе, у которого Бабуганка, сливаясь с левым притоком Сары-Су[12][6], образует реку Альму в 79 километрах от её устья[4] на высоте 616 м[9]. Водоохранная зона реки установлена в 50 м[13].
↑Ресурсы поверхностных вод СССР: Гидрологическая изученность. Т. 6. Украина и Молдавия. Вып. 3. Бассейн Северского Донца и реки Приазовья / под ред. М. С. Каганера. — Л.: Гидрометеоиздат, 1967. — 492 с.
↑ 12Лисовский А. А., Новик В. А., Тимченко З. В., Мустафаева З. Р. Поверхностные водные объекты Крыма (справочник) (рус.) / А. А. Лисовский. — Симферополь: Рескомводхоз АРК, 2004. — С. 11. — 114 с. — 500 экз. — ISBN 966-7711-26-9.