Somente após receber as águas do rio Canoas, passa a se chamar rio Uruguai, indo na direção geral leste-oeste até receber, pela margem direita, as águas do rio Peperi-Guaçu. Então, começa a infletir para sudoeste, servindo de fronteira inicialmente entre Brasil e Argentina, até receber o rio Quaraí, afluente da margem esquerda que atua como fronteira entre o Brasil e o Uruguai.
Depois de receber as águas do rio Quaraí, o rio Uruguai continua para o sul até a localidade de Nueva Palmira, onde deságua no rio da Prata. Sua extensão total é de 1 770 quilômetros. Note que, desde a junção de seus formadores até a foz do rio Quaraí, são um total de 1 262 quilômetros, ficando os restantes 508 quilômetros do rio Uruguai correndo inteiramente entre terras uruguaias e argentinas. Se for considerada a extensão do rio Pelotas, sua extensão chega aos 2 150 quilômetros. Seu desnível total é de 24 centímetros por quilômetro.
Significado do nome
Segundo Eduardo Navarro, "Uruguai" é um termo proveniente do guarani antigo: significa "rio dos uruguás", pela junção de uruguá (uruguá, um tipo de caracol de água doce) e 'y (rio).[2]
Segundo estudiosos da hidrografia, o rio Uruguai pode ser considerado, fisicamente, de três formas, superior, médio e inferior.
# Superior- No trecho entre a junção dos rios Pelotas e Canoas, até a foz do rio Piratini, aí neste percurso com uma extensão total de 816 km e um desnível de 43 cm/km.
# Médio - No trecho entre a foz do Piratini até a cidade de Salto, já no Uruguai, aí neste percurso com uma extensão de 606 km e um desnível de 9 cm/km.
# Inferior- No trecho entre a cidade de Salto até a cidade de Nueva Palmira, agora um percurso ainda menor, num total de 348 km com desnível de 3 cm/km.
Após receber o rio Peperi-Guaçu e mudar a direção para o sul, o rio Uruguai apresenta o salto do Yucumã, o maior salto longitudinal do mundo, com extensão aproximada de 1,8 Km com altura máxima de 20 metros.
A navegação do rio Uruguai só é amplamente utilizada em seu trecho inferior, na bacia do rio da Prata, da foz a Concepción del Uruguay, na Argentina. Aí neste trecho podem ser vistos diversos navios de cabotagem. À medida que se sobe o rio, a navegação torna-se cada vez mais difícil, até se tornar completamente inviável.
Até a cidade de Salto, no Uruguai, a navegação pode ser feita por pequenas embarcações. Acima de Salto, a navegação é dificultada pela existência de rápidos e corredeiras, agravando-se a situação em direção a montante. Um pouco mais acima, nos 210 quilômetros entre São Borja e Uruguaiana, também efetua-se navegação, porém com embarcações de pequeno porte.
Existe uma discussão sobre a verdadeira nascente do rio Uruguai, uma vez que, através de fontes históricas, o rio nasceria com a junção entre o rio Pelotas e o rio do Peixe. Tal teoria estaria embasada em documentações de propriedades de terras emanadas pelo governo, que apontariam, como nascedouro, a junção entre o rio do Peixe e o rio Pelotas (entre os municípios de Marcelino Ramos (Rio Grande do Sul) e Alto Bela Vista (Santa Catarina).
Aspectos econômicos
Tem-se efetuado a navegação por embarcações de pequeno porte nos 210 quilômetros entre São Borja, Itaqui e Uruguaiana. Durante décadas seguidas, substanciais incentivos governamentais foram destinados à atividade agrícola, dando importante impulso à economia.
Embora drenando águas puras de importante região agroindustrial, permanece um tanto ignorada pela ciência, e pelo sistema de fiscalização ambiental, apresentando avançado estado de degradação.[carece de fontes?]
Houve a quase extinção das reservas naturais de matas, resultando na exposição dos recursos hídricos à ação dos fenômenos climáticos. As enxurradas subsequentes geraram erosão, e a consequente turbidez, o envenenamento e o assoreamento dos leitos.[carece de fontes?]