No final do relato, Jesus pede novamente que os discípulos guardem segredo do que viram. Eles, em dúvida, perguntaram por que as profecias falam que "Elias deve vir primeiro". A resposta de Jesus foi: «Declaro-vos, porém, que Elias já veio, e não o conheceram, antes fizeram-lhe tudo quanto quiseram. Assim também o Filho do homem há de padecer às suas mãos.» (Mateus 17:12).
Segundo Mateus, só então os discípulos entenderam que Jesus falava de João Batista.
Logo em seguida, Mateus relata um milagre realizado por Jesus que também ocorre nos três evangelhos sinóticos: Marcos 9 (Marcos 9:14–29), Mateus 17:14–21 e Lucas 9 (Lucas 9:37–49). Depois que os discípulos fracassam em conseguir curar um garoto "epilético", Jesus novamente reclama da "geração incrédula" e pede-lhes que tragam o garoto, que é exorcizado e curado. Quando os discípulos, depois, lhe perguntam por que fracassaram, a resposta de Jesus foi contundente: «Por causa da vossa pouca fé. Pois em verdade vos digo que se tiverdes fé como um grão de mostarda, direis a este monte: Passa daqui para acolá, e ele passará. Nada vos será impossível.» (Mateus 17:20)
«Enquanto eles se reuniam na Galiléia, disse-lhes Jesus: O Filho do homem há de ser entregue às mãos dos homens; Tirar-lhe-ão a vida, e ele ao terceiro dia ressuscitará. Os discípulos entristeceram-se em extremo.» (Mateus 17:22–23)
Este é um milagre de Jesus que aparece apenas no relato de Mateus (Mateus 17:24–27)[4][5]. Já em Cafarnaum, Jesus pede a Pedro que lance seu anzol e abra a boca do primeiro peixe que pescar, pois lá estará um estáter, suficiente para pagar o imposto lhes era cobrado pela passagem.
