A Liga Muçulmana nasceu como um movimento nacionalista laico e moderno. Seu principal dirigente no período colonial indiano foi Muhammad Ali Jinnah, que participava do movimento independentista Congresso Nacional Indiano - dirigido por Mahatma Gandhi e Jawaharlal Nehru. Jinnah aderiu à Liga Muçulmana após perceber que os muçulmanos seriam relegados em um futuro Estado nacional no subcontinente indiano. Em 1934, Jinnah tornou-se presidente da Liga, que na década seguinte foi uma força fundamental em favor da partilha do império. Nas negociações finais com o Reino Unido para a independência da Índia, Jinnah obteve um estatuto independente e separado para o Paquistão.
Depois das independências indiana e paquistanesa, a Liga Muçulmana permaneceu como um partido minoritário dentro da Índia, enquanto que no Paquistão a Liga compôs o primeiro governo nacional do país - que foi desfeito na década de 1950 após um golpe militar. O partido também foi criado no Bangladesh.