1 Partidas e gols pelos clubes profissionais contam apenas partidas das ligas nacionais. Atualizadas até 17 de setembro de 2011.
2 Partidas e gols totais pelos clubes, atualizadas até 27 de junho]] de 2014.
3 Partidas e gols pela seleção nacional estão atualizadas até 27 de outubro de 2014.
Descoberto em campinhos, aos 16 anos, Fernando começou sua carreira no Flamengo, onde jogou de 2000 a 2003, tendo ficado 4 anos nas categorias de base. É considerado o capitão mais jovem do Flamengo, assumiu o posto e levou o título do campeonato carioca de 2000 e 2001. Depois disto, esteve na Alemanha e na Áustria.
Retornou ao Flamengo, em meados de 2005, porém, após um ruim início de Campeonato Brasileiro em 2006 com atuações de baixo nível, foi barrado, tendo poucas oportunidades e vendido no meio do ano para o MSV Duisburg, onde cumpriu seu contrato e retornou ao Brasil.
Regressou ao Brasil para atuar pelo Vasco da Gama,[2] maior rival do time que o revelou, o Flamengo. O zagueiro testemunhou o rebaixamento do Vasco em 2008 e mesmo com generosas propostas de outros clubes, decidiu permanecer para voltar com o clube para a Primeira Divisão.[3]
