Em 2000 e 2001, a competição foi disputada por nove clubes. Havia uma fase preliminar, um triangular de turno único, disputado pelos campeões da Copa Centro-Oeste e Copa Norte, e o vice-campeão do Campeonato do Nordeste. Os dois melhores dessa fase se classificavam para as quartas, em que já estavam previamente presentes os vencedores do Campeonato Carioca, Campeonato Paulista, Torneio Rio–São Paulo, Copa do Nordeste e Copa Sul-Minas, além do vice desta última. Em 2000, as quartas e as semifinais ocorreram em dois jogos, enquanto a final em partida única; no ano seguinte, a decisão também passou a ser em dois jogos.[1] No triangular, os times disputavam um jogo em sua cidade e outro fora; no mata-mata, os jogos ocorreram no Rei Pelé, em Maceió-AL (sede da final única em 2000 e do segundo jogo decisivo de 2001), ou no Almeidão, em João Pessoa-PB (sede do primeiro jogo da decisão de 2001), sendo a ida em um e a volta no outro.
Em 2002, em alinhamento à valorização dos interestaduais em relação aos estaduais (em alguns casos foi estabelecido um sistema de acesso e descenso),[1] a competição foi expandida e disputada por dezesseis clubes, findando-se as vagas por títulos estaduais: seis melhores do Torneio Rio-São Paulo, semifinalistas da Copa Sul-Minas, três melhores da Copa do Nordeste, campeões da Copa Norte e da Centro-Oeste, além do atual campeão.[1] Na primeira fase, os clubes foram divididos em quatro grupos de quatro equipas cada, jogando-se em turno único. Os dois melhores colocados foram classificados para as quartas de final, seguindo-se o chaveamento (1ºA X 2ºD; 1ºD X 2ºA; 1ºC X 2ºB; 1ºB X 2ºC). No mata-mata, apenas a final foi disputada em dois jogos. Albertão-PI, Castelão-CE (sede do segundo jogo da final), Machadão-RN e Mangueirão-PA (sede do primeiro jogo da final) foram os estádios utilizados.[2]
Em 2003, com um novo calendário no futebol brasileiro (tendo o Brasileirão passado a ser em pontos corridos), quase todos os interestaduais foram extintos, excetuando-se a Copa do Nordeste, também sendo encerrada, por consequência, a Copa dos Campeões.
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