Lincoln começou a jogar futebol aos nove anos de idade no Atlético Mineiro, onde se profissionalizou aos dezessete e jogou até os vinte e dois anos. No galo, Lincoln conquistou os títulos estaduais de 1999 - quando marcou o gol decisivo na final contra o América — e 2000. Em 1999, o apoiador foi peça fundamental para que o time chegasse à decisão do Campeonato Brasileiro. Mas, desta vez, Lincoln não teve a mesma felicidade e acabou vice-campeão, ao perder a final para o Corinthians,nesta decisão Lincoln acabou sendo expulso por levar dois cartões amarelos na mesma partida.
Kaiserslautern
O sucesso e as boas apresentações no clube mineiro renderam ao apoiador uma transferência para o Kaiserslautern, da Alemanha. Ele assinou contráto em 2001 pelo Kaiserslautern como sendo um substituto do jogador Ciriaco Sforza, comprado pelo Bayern de Munique. Franzino porém habilidoso, Lincoln teve impacto imediato e contribuiu para uma forte evolução do time alemão. No entanto, problemas internos renderam atritos que geraram uma grande rotatividade de jogadores, prejudicando a equipe e a carreira do jogador. A gota d'água foi quando Lincoln desapareceu na Primavera de 2004. Verificou-se que ele voltou para o Brasil a tratar de uma lesão que aparentemente ele estava sofrendo. Tal decisão não foi aprovada pelo seu clube, o que lhe rendeu uma longa temporada de suspensão. Logo depois, muitos torcedores, dirigentes e jogadores ficaram amargurados pelo fato de que Lincoln deixou o clube num momento crítico, enquanto eles lutavam contra o rebaixamento.
A reputação de Lincoln estava abalada, e foi visto como surpresa quando o Schalke 04 assinou contráto com o jogador. Entretanto, o seu jogo floresceu no clube de Ruhrgebiet, e o brasileiro foi protagonista na surpreendente campanha 2004-05 Schalke, que lhes valeu o segundo lugar no Bundesliga. Embora Lincoln tenha passado por uma má fase em 2005-06, ele firmemente se estabeleceu como um dos melhores goleadores na Bundesliga. No clube de Gelsenkirchen, atuou por três temporadas e viveu a melhor fase de sua carreira. Nessas três temporadas, Lincoln conquistou uma Copa Intertoto da UEFA, uma Copa da Liga Alemã, dois vice-campeonatos alemão, além de ter sido nomeado um dos cinco melhores jogadores da Bundesliga na temporada 2005/06 pela revista Kicker.
Galatasaray
Em busca de novos desafios, o futebolista aceitou a proposta do Galatasaray e se transferiu para o futebol turco no início da temporada 2007/2008, e conquistou o campeonato turco e a supercopa da turquia.
Palmeiras
O jogador voltou para o Brasil em 2010, para atuar no Palmeiras, apesar de ter propostas de outros clubes. O interesse do jogador em atuar pelo Palmeiras era tanto, que ele arcou com o pagamento da multa rescisória, depois repassada parcialmente à equipe brasileira. Não sendo muito usado pelo clube e tendo o segundo maior salário do clube, abriu o interrese do Avaí Futebol Clube.[1]
Sua estreia pelo time foi pela última rodada do turno do Brasileiro, logo no Clássico de Florianópolis na casa do adversário.[6] O Avaí saiu vencedor de virada por 3 a 2, e Lincoln foi o autor do primeiro gol do time aos 38 minutos do primeiro tempo.[7]
Um fato inusitado marcou negativamente a passagem de Lincoln pelo Avaí, durante o primeiro tempo da partida em que o time saiu derrotado por 2 a 0 para o Vasco da Gama em São Januário, Lincoln teria discutido com o seu companheiro de equipe Diogo Orlando e acertado uma cabeçada no amigo, fato este não registrado pelas câmeras de televisão. Ao chegar ao vestiário, Lincoln foi tentar pedir desculpas ao companheiro que acabou desferindo 3 ou 4 socos em Lincoln.[8]
Após 17 jogos disputados e 4 gols marcados, Lincoln amargou junto com o Avaí o rebaixamento do Campeonato Brasileiro e foi liberado pelo clube um dia após o último jogo do time.[9]
Coritiba
Em dezembro de 2011, Lincoln foi confirmado como o novo reforço do Coritiba.[10]
Em fevereiro de 2013, problemas internos que envolvem Lincoln voltaram a acontecer, ficando com a reputação abalada com a torcida Coxa-Branca, após ter feito um carrinho em cima de Bottinelli em um treino, o mesmo que faria sua estreia pelo Coritiba, isso acabou custando uma lesão para o meia argentino, com isso Lincoln acabou tendo outra crise em relação a sua reputação.
Lincoln nunca teve oportunidades com a camisa Canarinha, mas em 2007 foi pré-convocado, pelo técnico Dunga e junto com outros 33 atletas, para a Copa América da Venezuela.[12] O meia, no entanto, acabou de fora do grupo que conquistaria o título sul-americano.
