Zakłady powstały w 1910 jako Eisenbahn-Hauptwerkstatt Danzig-Troyl (Główny Warsztat Kolejowy Gdańsk-Trojan), w skrócie: EHW Danzig-Troyl. Zakłady wyposażono w największe na Pomorzu Gdańskim hale przemysłowe – np. hala napraw wagonów ma rozmiary 251×103 m, zaś napraw lokomotyw ok. 166×102 m.
Po zakończeniu I wojny światowej, na mocy artykułu nr 107 traktatu wersalskiego, w 1922 zakłady wraz z dawną Stocznią Cesarską w Gdańsku przekazano na 50 lat w bezpłatną dzierżawę nowo utworzonej międzynarodowej spółce International Shipbuilding & Engineering Co Ltd, używającej też nazwy Danziger Werft und Eisenwerkstatten AG z 20% udziałem kapitału polskiego (reprezentowanym przez Bank Handlowy w Warszawie), 20% Wolnego Miasta Gdańska (Danziger Privat AG), 30% Wielkiej Brytanii (fabrykę wagonów Cravens Ltd) i 30% Francji (Gdańską Grupę Przemysłową Groupement Industriel pour Danzig)[2].
Po przyłączeniu do Polski w 1945 zakłady nosiły nazwę Warsztatów Głównych Gdańsk-Trojan, Warsztatów Kolejowych PKP, od 1952 Zakładów Naprawczych Taboru Kolejowego. Pierwszym dyrektorem był w 1945 r. Aleksander Bader. Był okres, w którym zakłady zatrudniały ponad 3000 pracowników. Przez pewien czas zakładom podlegał też ZNTK w Słupsku (po 1967 i przed 1997 r.).
Obecnie naprawy taboru odbywają się jedynie w jednej hali, zaś pozostałą powierzchnię dzierżawi cały szereg firm, m.in. producent jachtów.
Na potrzeby powstającej Szybkiej Kolei Miejskiej w Trójmieście, początkowo ZNTK Lubań (1948-1955, 48 szt.), następnie ZNTK Gdańsk (1957-1963, 32 szt.)[3] adaptowały, zmieniając ich zasilanie pozostawione przez władze niemieckie w zakładach naprawy w Lubaniu (Reichsbahnausbesserungswerk Lauban), wagony berlińskiej S-Bahn, dawne 800-woltowe jednostki EW90, EW91, EW92[4].
Budynki warsztatów
Budynki zakładu zostały wpisane jest do rejestru zabytków pod nr rej.: A-11734
Zlokalizowane przy ul. Siennickiej warsztaty kolejowe ZNTK, które powstały w latach 1910–1920, zostały wpisane do rejestru zabytków w 2002 roku,. Ochronie podlegają hale napraw lokomotyw i wagonów, kuźnie, wieża ciśnień, kotłownia, portiernia, budynek dyrekcji, stołówka, sklep zakładowy oraz mur z bramami i kioskiem[5].
↑50 lat elektryfikacji PKP, Wydawnictwa Komunikacji i Łączności Warszawa 1989, s. 319.
↑Bartłomiej Buczek (red.): SKM. Z dziejów Szybkiej Kolei Miejskiej w Trójmieście, PKP Szybka Kolej Miejska w Trójmieście Sp. z o.o. Gdynia 2011, s. 37–39, 69–74.