W okolicach zachodniego krańca obecnego przystanku Gdańsk Strzyża, na ówczesnej linii kolejowej Gdańsk Wrzeszcz – Stara Piła (otwartej w 1914) istniał wiadukt kolejowy nad obecną ul. Wita Stwosza. Został on wysadzony przez Niemców 26 marca 1945, aby spowolnić przemieszczanie się Sowietów. Dodatkową przeszkodą była lokomotywa ustawiona na wiadukcie tuż przed wybuchem[8][9][10][11]. Po zakończeniu wojny oba przyczółki wiaduktu pozostawały przez kilkadziesiąt lat niezagospodarowaną ruiną. Służyły do wieszania bilbordów oraz graficiarzom. Zostały zburzone w 2013 w ramach budowy[12]. Linia PKM przy przystanku Gdańsk Strzyża została zbudowana w śladzie linii Gdańsk Wrzeszcz – Stara Piła.
W trakcie projektowania do 2011 przystanek nosił roboczą nazwę Gdańsk Abrahama, zmienioną później w wyniku plebiscytu na Gdańsk Strzyża[13].
We wrześniu 2017 pod wiaduktem umieszczono tablicę opisującą historię wiaduktu istniejącego nad ulicą Wita Stwosza w latach 1913–1945[14][15].