Klub został założony w południowo-zachodnim Londynie w 1899 r. w dzielnicy Wimbledon. Od 1912 do 1991 r. zespół rozgrywał swoje mecze na stadionie Plough Lane. Pierwotnie nosił nazwę Wimbledon Old Centrals[1].
W 1977 Wimbledon F.C. został członkiem Football League[2]. W 1986 zespół uzyskał awans do najwyższej klasy rozgrywkowej w Anglii, Division One, przemianowaną na Premier League w 1992, w której występował do sezonu 1999/2000[3]. Największy sukces klubu to zdobycie Pucharu Anglii w 1988. W 1991 klub z powodów infrastrukturalnych przeniósł się z Plough Lane na Selhurst Park, stadionu ówczesnego największego rywala, Crystal Palace. W 2003 klub został przeniesiony do miasta Milton Keynes, grając jeden sezon jako Wimbledon FC, zanim w 2004 roku zmieniono nazwę na MK Dons.
Duża część kibiców niezadowolona z sytuacji w klubie w 2002 stworzyła nowy klub pod nazwą AFC Wimbledon. Po trudnych negocjacjach stowarzyszenia niezależnych kibiców AFC Wimbledon i MK Dons MK zrzekł się wszelkich praw do trofeów oraz do historii Wimbledon F.C. na rzecz London Borough of Merton[4].
Mistrzowie (1): 1896-97;
Herald Cup
Zwycięzcy (1): 1900-01;
Europejskie puchary
Legenda do wszystkich tabel:
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
