Gmina Wiżajny znajduje się na obszarze dawnej Puszczy Mereckiej, pierwotnie zamieszkałej przez plemię Jaćwingów, którego ślady przetrwały w nazwach miejscowości, takich jak Sudawskie (pochodzące od Sudowów). Pierwsze wzmianki o ziemi jaćwieskiej Weyze, będącej wcześniejszą nazwą tego obszaru, pochodzą z 1253 roku, natomiast nazwa jeziora Wezezen pojawia się około 1385 roku[5]. Przez Puszczę Merecką prowadziło kilka szlaków, przy których powstawały osady, a później także miasta, w tym szlak z Merecza do Puńska. Choć dokładna data założenia osady i miasta Wiżajny nie jest znana, to w dokumentach parafii Puńsk z 1606 roku wspomniano, że „droga wiodła obok miasta Wiżajny"[5]. Prawo magdeburskie zostało potwierdzone 11 maja1693 roku i ponownie 14 lutego1792 roku[5]. Po zniszczeniach podczas wojen szwedzkich w 1659 roku zbudowano nowy kościół, a w 1661 roku założono szkołę. W latach 1824–1831 wzniesiono murowany kościół katolicki, przy którym znajduje się drewniana dzwonnica z XIX wieku. W 1870 roku Wiżajny utraciły prawa miejskie. Po odzyskaniu niepodległości w 1918 roku Wiżajny stały się siedzibą władz gminnych. W 1925 roku otwarto szkołę podstawową w Wiżajnach. W czasie II wojny światowej Wiżajny zostały zniszczone w 70 procentach. Istniejący dworek starościński spłonął podczas pożaru w 1963 roku[5].
Struktura powierzchni
Gmina Wiżajny ma obszar 122,59 km² (2002)[6], w tym:
użytki rolne: 71%
użytki leśne: 15%
Gmina stanowi 9,38% powierzchni powiatu.
Klimat
Z powodu najniższych temperatur stycznia (−4 °C, −4,5 °C) i najniższych rocznych temperatur średnich jest to polski biegun zimna. Zima w okolicy Wiżajn jest długa i mroźna, nawet dwa–trzy razy dłuższa niż na zachodzie Polski. Najdłuższa zima, z 1928 roku, trwała w tej okolicy do czerwca[7]. Śnieg pojawia się w Wiżajnach najczęściej w okolicach listopada i znika dopiero pod koniec marca. Lato jest przeważnie krótkie i upalne, gdyż w tym czasie przeważają wpływy kontynentalnych mas powietrza. Ekstremalne temperatury zanotowane na tym obszarze to +38 °C i −36 °C[7].