Urodził się w 1745 r. w Hošticích, w południowych Czechach. Po ukończeniu gimnazjum w Havlíčkovym Brodzie, rozpoczął w 1765 r. studia jako kleryk w Seminarium św. Wacława w Pradze oraz w Konwikcie św. Bartłomieja, gdzie studiował filologię, uzyskując trzy lata później stopnie doktora filologii, a w 1771 r. baccalauréat z teologii. Po otrzymaniu święceń kapłańskich w 1772 r. przez wiele lat pracował w wielu parafiach na terenie Czech. W 1779 r. został kanonikiem katedralnym i miał za zadanie opiekować się ludnością niemiecką, będąc ich duszpasterzem. Później pełnił funkcję archidiakona. 1 czerwca 1795 r. został mianowany przez papieżaPiusa VI praskim biskupem pomocniczym z tytularną stolicą w Cydonii. Jego konsekracja biskupia miała miejsce 28 września 1795 r., a rok później abp Wilhelm Florentin von Salm-Salm powierzył mu funkcję wikariusza generalnego archidiecezji.
Na okres jego rządów przypadły wojny napoleońskie, które spowodowały wiele zniszczeń. W tym czasie Chlumčanský dokonywał wizytacji swojej diecezji. Większość budynków należących do Kościoła było zaniedbanych, skłoniło to biskupa do zaciągnięcia pożyczek na ich remonty. Ponadto z własnych środków finansowych wspierał biednych i potrzebujących. W 1804 r. otworzył nowe seminarium duchowne, które przejęło w 1810 r. siedzibę zlikwidowanego kolegium jezuickiego.
W uznaniu jego zasług cesarz powołał go do swojej tajnej rady i chciał powierzyć mu funkcję arcybiskupametropolitylwowskiego, jednak propozycja ta spotkała się z odmową ze strony Chlumčanskiego, który argumentował to problemami językowymi.
Arcybiskup praski
Po śmierci arcybiskupa praskiego Wilhelma Florentina von Salm-Salma został mianowany przez cesarza 30 grudnia 1814 r. jego następcą. Papież przychylając się do tej nominacji zatwierdził ją 15 marca 1815 r., a uroczysta intronizacja nowego metropolity miała miejsce 15 maja tego samego roku.
Jako arcybiskup praski wiele uwagi poświęcał biednym i potrzebującym. Założył fundację wspierającą młodych księży oraz przyjął nowe przepisy dotyczące seminarium duchownego. Ze zrozumieniem i wsparciem odnosił się do postulatów czeskiego odrodzenia narodowego.
Cień na jego pontyfikat rzuciła sprawa księdza Bernarda Bolzana, wybitnego filozofa i matematyka, który ze względu na konflikt z władzami austriackimi został wydalony z Uniwersytetu Karola.
Zmarł w 1830 r. w Pradze i został pochowany w miejscowej katedrze.
Procházka Roman, Genealogisches Handbuch erloschener böhmischer Herrenstandsfamilien, Verlag Degener & Co, Seite 51, Neustadt (Aisch) 1973, s. 51.
Bretfeld Franz Joseph, Umriß einer kurzen Geschichte des Leutmeritzer Bisthums im Königreiche Böhmen, nebst einigen genealogischen Denkwürdigkeiten über das Alter und die Verdienste der böhmischen Familie Chlumczansky von Przestawlk und Chlumczan, Wien 1811.