3 maja 1919 roku powstał protoplasta Slovana – I. Československý športový klub Bratislava[1][2]. W 1939 roku, gdy Słowacja odłączyła się od Czech, zawarła sojusz z Niemcami i wprowadziła ustrój faszystowski, powołano do życia związek piłkarski z siedzibą w Żylinie i zorganizowano klubowe mistrzostwa kraju[3][4]. W latach 1940–1945 klub czterokrotnie zdobył mistrzostwo kraju[4]. W grudniu 1939 roku rozpoczęto budowę Tehelnégo pola, który ukończony został w niecały rok[5].
Po II wojnie światowej i powrocie Słowacji do wspólnej państwowości z Czechami klub znowu zmienił nazwę, tym razem na Sokol NV Bratislava[6]. W 1949 roku zdobył mistrzostwo Czechosłowacji[4]. Kolejne tytuły zdobywał w latach 1950, 1951 i 1955[4].
W 1961 roku po fuzji Sokola TJ Dimitrov, pojawia się po raz pierwszy nazwa Slovan[7][8], choć obecna nazwa klubu została ustanowiona dopiero w 1990 roku[7]. W 1968 roku, kiedy trenerem został Michal Vičan, klub zdobył Puchar Czechosłowacji[9][10], zespół awansował wówczas również do Pucharu Zdobywców Pucharów[11]. Wygrał dwa pierwsze mecze, następnie pokonał w ćwierćfinale AC Torino i w półfinale szkocki AFC Dunfermline[11]. 21 maja 1969 w Bazylei, Slovan odniósł swój największy sukces w historii[11]. Zwyciężył on w finale Pucharu Zdobywców Pucharów FC Barcelonę 3:2 – po bramkach Cvetlera, Hrivnaka i Jana Capkovicia; dla Barcy trafiali Zaldua i Carlos Rexach[12]. Następnie, po piętnastoletniej przerwie, w 1970 roku Slovan ponownie zdobył mistrzostwo Czechosłowacji[4]. Po Vičanie trenerem został Jozef Vengloš, który zdobył z klubem kolejne tytuły mistrzowskie – w latach 1974 i 1975[13][14].
Po siedemnastoletniej przerwie, w 1992 roku, Slovan zdobył ósme i ostatnie mistrzostwo Czechosłowacji[13]. Po ponownym uzyskaniu suwerenności przez Słowację w 1993 roku, ruszyła słowacka Superliga[15]. Pierwszy tytuł w 1994 roku zdobył Slovan[13]. Powtórzył ten sukces jeszcze w latach 1995 i 1996[13]. Ostatni triumf Slovana w lidze słowackiej to mistrzostwo zdobyte w 1999 roku[13]. W sezonie 2003/2004 zespół spadł do II ligi słowackiej[16]. W sezonie 2006/2007 klub powrócił do Superligi[17]. Od tego momentu, klub zdobył Mistrzostwo Słowacji kolejne 9 razy[13].
Chronologia nazw
1919: 1. Československý Športový Klub (1. ČsŠK) Bratislava
1939: Športový Klub (ŠK) Bratislava
1948: Sokol Bratislava
1948: Sokol Národný výbor (NV) Bratislava
1953: Telovýchovná Jednota (TJ) Sokol Bratislava Ústredný národný výbor (UNV)
1961: Telovýchovná Jednota (TJ) Sokol Bratislava Chemické závody Juraja Dimitrova (CHZJD)