W Superlidze sezonu 2008/2009 występowało 12 zespołów. Zwycięzca – Slovan Bratysława – otrzymał tytuł mistrza Słowacji w piłce nożnej. Beniaminkami byli: mistrz I ligi – Tatran Preszów oraz DAC Dunajská Streda (mistrz grupy zachodniej II ligi), który połączył się z FC Senec, przejmując jego miejsce w najwyższej klasie rozgrywkowej.
Źródło: Slovenský futbalový zväz Oznaczenia: (M) – tytuł mistrzowski, (A) – awans, (S) – spadek. Zasady ustalania kolejności:1. liczba zdobytych punktów; 2. różnica zdobytych bramek; 3. większa liczba zdobytych bramek. Objaśnienia: 1MFK Koszyce uzyskał prawo gry w III rundy kwalifikacyjnej Ligi Europy UEFA jako zdobywca Pucharu Słowacji 2008/2009.
Wyniki meczów
Mecze 1–11
W pierwszej części sezonu każdy zespół rozgrywa z pozostałymi po dwa mecze – 1 jako gospodarz, 1 jako gość.
Źródło: Slovenský futbalový zväz Objaśnienia: 1Drużyna gospodarzy jest wymieniona po lewej stronie tabeli. Kolory: zielony – zwycięstwo gospodarzy, żółty – remis, różowy – zwycięstwo gości.
Mecze 22–33
W drugiej części sezonu drużyny uczestniczące w rozgrywkach spotykały się ze sobą jednokrotnie – pary układane były według schematu przedstawionego w tabeli, gdzie kolejne liczby oznaczają miejsce zajęte przez dany zespół w sezonie 2007/2008 (numer 10 – DAC Dunajská Streda, numer 12 – Tatran Preszów). Te, które zajęły miejsca 1–6 rozgrywały 6 meczów jako gospodarze i 5 jako goście, pozostałe – 5 jako gospodarze i 6 jako goście.
Źródło: Slovenský futbalový zväz Objaśnienia: 1Drużyna gospodarzy jest wymieniona po lewej stronie tabeli. Kolory: zielony – zwycięstwo gospodarzy, żółty – remis, różowy – zwycięstwo gości.