Pochodzi z niewielkiego miasta Czadan przy granicy z Mongolią, w autonomicznej Republice Tuwy. Jego ojciec Kużugiet Szojgu (1921–2010), Tuwiniec, był wieloletnim radzieckim działaczem partyjnym. Przeszedł na emeryturę jako wiceprzewodniczący Rady Ministrów Tuwińskiej ASRR[3].
Matka, Rosjanka Aleksandra Jakowlewna Szojgu (ros. Александра Яковлевна Шойгу) z domu Kudriawcewa, urodziła się w 1924 roku we wsi Jakowlewo (ros. Яковлево) w obwodzie orłowskim niedaleko Moskwy, a niedługo później przeniosła się wraz z rodziną do Kadyjewki w obwodzie ługańskim na Ukrainie i tam się wychowała[4]. W 1951 roku ukończyła Charkowski Instytut Rolniczy (ros. Харьковский сельскохозяйственный институт, obecnie Charkowski Narodowy Uniwersytet Rolniczy im. W. W. Dokuczajewa) w Charkowie[5]. Następnie zamieszkała w Tuwie, gdzie poznała swojego przyszłego męża, Kużugieta Szojgu. Była zootechniczką, pracowała jako główna specjalistka ds. hodowli zwierząt w dziale rolnictwa rejonu Dzun-Chiemczyckiego. W 1979 r. przeszła na emeryturę jako szefowa departamentu planowania Ministerstwa Rolnictwa Republiki Tuwy[6]. Wielokrotnie była także deputowaną w lokalnym parlamencie Tuwińskiej ASRR i późniejszej rosyjskiej Republiki Tuwy[7]. Zmarła w 2011 roku.
Młodość
W 1977 r. Siergiej Szojgu ukończył studia w Krasnojarskim Instytucie Politechnicznym w zakresie inżynierii budownictwa. Doktor nauk ekonomicznych. W latach 1977–1978 pracował na stanowisku mistrza w przedsiębiorstwie Promchimstroj w Krasnojarsku, a w latach 1978–1979 był mistrzem i naczelnikiem odcinka w przedsiębiorstwie Tuwinstroj w Kyzyle. W latach 1979–1984 pełnił funkcję kierownika robót, głównego inżyniera i naczelnika w przedsiębiorstwie Aczinskaluminijstroj w Aczyńsku. Od 1984 zajmował kierownicze stanowiska w przedsiębiorstwach budowlanych. W latach 1984–1985 był zastępcą kierownika Sajanaluminstroju w Sajanogorsku, w latach 1985–1986 kierownikiem Sajantiażstroju, a w latach 1986–1988 kierownikiem Abakanwagonstroju w Abakanie.
W latach 1990–1991 zajmował stanowisko Zastępcy Przewodniczącego Państwowego Komitetu Rosyjskiej Federacyjnej SRR ds. Architektury i Budownictwa.
Od 1991 r. pracuje w centralnym aparacie państwowych służb ratowniczych. W 1991 r. przewodniczył Państwowemu Komitetowi RFSRR ds. Sytuacji Nadzwyczajnych. W latach 1991–1994 był Przewodniczącym Państwowego Komitetu Federacji Rosyjskiej ds. Obrony Cywilnej, Sytuacji Nadzwyczajnych i Likwidacji Następstw Klęsk Żywiołowych. W 1994 r. został mianowany na stanowisko Ministra FR ds. Obrony Cywilnej, Sytuacji Nadzwyczajnych i Likwidacji Następstw Klęsk Żywiołowych. Od 1996 r. zasiada w Radzie Bezpieczeństwa Federacji Rosyjskiej. W latach 2000–2004 był Zastępcą Przewodniczącego Rządu Federacji Rosyjskiej (wicepremierem).
6 listopada 2012 decyzją Prezydenta Federacji Rosyjskiej Władimira Putina, S. Szojgu został mianowany ministrem obrony Federacji Rosyjskiej. Zastąpił na tym stanowisku odwołanego Anatolija Sierdiukowa w związku ze sprawą nadużyć w holdingu Oboronserwis podległego Ministerstwu Obrony FR[10].
12 maja 2024 przestał być ministrem obrony. Zastąpił go na tej funkcji Andriej Biełousow. Tego samego dnia został mianowany sekretarzem Rady Bezpieczeństwa Federacji Rosyjskiej[15].
Żonaty z Iriną, prezeską przedsiębiorstwa turystycznego Expo-EM, z którą zna się od pierwszego roku studiów, pobierając się 5 lat później[17]. Mają dwie córki. Starsza, Julija (ur. 1977), od 2002 roku pełni funkcję dyrektorki centrum pomocy psychologicznej przy Ministerstwie Spraw Nadzwyczajnych[18]. Młodsza, Ksienija (ur. 1991) od 2020 roku pełni funkcję dyrektorki Rosyjskiej Federacji Triathlonowej[19].
Siergiej Szojgu miał starszą siostrę, Łarisę (1953–2021), wieloletnią deputowaną do Dumy Państwowej z ramienia rządzącej partii Jedna Rosja, zmarłą nagle po komplikacjach w wyniku przebycia COVID-19[20].