Jako pisarz debiutował latach 70. XX wieku, jest autorem opowiadań i kilku powieści. Karierę filmową zaczynał jako konsultant Johna Boormana przy realizacji Excalibura, filmu o Rycerzach Okrągłego Stołu. Samodzielnie debiutował rok później – napisał scenariusz i wyreżyserował Anioła. Główną rolę w filmie zagrał Stephen Rea, który później wystąpił także w innych dziełach reżysera, stając się jego ulubionym aktorem. Jordan realizuje filmy tematycznie i produkcyjnie związane z jego ojczyzną, jednak równie chętnie pracuje w Stanach Zjednoczonych.
Uznanie przyniosła mu Gra pozorów z 1992. Bohaterem filmu jest bojownik IRA (Rea), który z poczucia winy za śmierć angielskiego żołnierza wikła się w skomplikowany związek uczuciowy z jego kochankiem, młodym transwestytą. Film zdobył szereg nagród i nominacji do prestiżowych nagród, a Jordanowi przyniósł w 1993 Oscara za scenariusz.
Neil Jordan jest członkiem Aosdána, irlandzkiego stowarzyszenia grupującego wybitnych twórców. Zasiadał w jury konkursu głównego na 49. MFF w Wenecji (1992).
