Urodził się w Calzada de Calatrava, w prowincji Ciudad Real, Kastylia-La Mancha. W wieku 16 lat z rodzinnego miasta przeprowadził się do Madrytu. Były to czasy autorytarnejdyktaturyFrancisca Franco, ograniczenia wolności wypowiedzi. Kontrast między tamtym światem a dzisiejszą Hiszpanią można zobaczyć w filmie Drżące ciało. Żyjąc na marginesie tamtego systemu, Almodóvar przez wiele lat utrzymywał się z prac dorywczych, aż w końcu, na okres 12 lat, został zatrudniony w największej hiszpańskiej firmie telekomunikacyjnej – Telefónica. Stała praca umożliwiła mu zakup pierwszej kamery.
Był jedną z czołowych postaci hiszpańskiego la movida madrileña, kulturalnego renesansu po śmierci generała Franco. Opublikował powieść Fuego en las entrañas oraz zwierzenia fikcyjnej gwiazdy porno Patty Diphusa, drukowane w czasopiśmie „La Luna de Madrid”.
Już od roku 1972 tworzył filmy krótkometrażowe, jego pierwszy pełnometrażowy film został jednak wyświetlony dopiero w roku 1980. Zdjęcia do Pepi, Luci, Bom i innych dziewczyn z dzielnicy trwały ponad 18 miesięcy. Film, który kosztował około 13 tysięcy funtów, stał się przebojem i pozwolił Almodóvarowi założyć wraz z bratem wytwórnię filmową El Deseo (1985).
Almodóvar, mający wyrazisty, autorski styl reżyserii, jest jednym z najbardziej znanych hiszpańskich i europejskich reżyserów. To on odkrył talent aktorski Antonia Banderasa i Penélope Cruz. Do swoich filmów sam pisze scenariusze, reżyseruje je, a w większości występuje w epizodycznych rolach i jest ich producentem.
Filmy Almodóvara to najczęściej melodramatyczne, pełne nieprawdopodobnych sytuacji historie, z elementami czarnego humoru i swobodnie wplatające do tematyki obyczajowej wątki homoseksualne. Bohaterami są często postaci z nizin społecznych, marginesu społecznego (dilerzy narkotyków, prostytutki, kryminaliści). Jego motywy są takie jak w przypadku surrealistów: oburzenie drobnomieszczańskiej moralności.
W swej twórczości Almodóvar przeszedł ewolucję od skandalizujących, utrzymanych w estetyce punkowej filmów z lat osiemdziesiątych i początku lat dziewięćdziesiątych (np. Kika) do psychologicznych komedii o kobietach (np. Wszystko o mojej matce).