Początki i współpraca z reprezentacjami narodowymi
Karierę trenerską rozpoczął w 1994, trenując grupy młodzieżowe w klubie CWKS Legia Warszawa. Po czterech latach pracy w Legii, został trenerem juniorów warszawskiego klubu. Przez dwa lata odbywał również staż w autonomicznym klubie Legia Warszawa, którego trenerem był wówczas Paweł Janas[1]. Od 1998 samodzielnie prowadził klub piłkarski Szkoły Mistrzostwa Sportowego w Piasecznie.
W 1999 trafił do Amiki Wronki, gdzie zajmował się pracą z młodzieżą. W 2002 doprowadził juniorów starszych do mistrzostwa Polski[2]. Przed sezonem 2002/03 został trenerem rezerwowej drużyny Amiki, zastępując na tym stanowisku Czesława Michniewicza[3]. W kwietniu 2003, po przegranym spotkaniu z Obrą Kościan Skorża zapowiedział, że nie będzie już szkoleniowcem wronieckich rezerw[4]. Następnie przez krótki okres był asystentem Mirosława Jabłońskiego w Wiśle Płock.
W latach 1997–1999 współpracował z Pawłem Janasem, prowadząc bank informacji w olimpijskiej reprezentacji Polski. W maju 2003 po raz kolejny został asystentem Janasa, tym razem w kadrze narodowej seniorów. Z tego stanowiska odszedł po nieudanych mistrzostwach świata 2006.
Pierwsze samodzielne prace
W 2004, po zwolnieniu Stefana Majewskiego z posady pierwszego trenera Amiki ponownie podjął współpracę z tym klubem na stanowisku trenera-menedżera (pełniąc jednocześnie funkcję asystenta selekcjonera reprezentacji Polski). W listopadzie 2005 zrezygnował z funkcji trenera Amiki.
Od listopada 2006 trenował Dyskobolię Grodzisk Wielkopolski, z którą zdobył na finiszu sezonu 2006/07 Puchar Polski oraz Puchar Ekstraklasy. 13 czerwca 2007 podpisał kontrakt z Wisłą Kraków. Z klubem tym dwukrotnie, w sezonach 2007/08 i 2008/09, zdobył mistrzostwo Polski. W krakowskim klubie pracował do 15 marca 2010, kiedy został zwolniony ze stanowiska trenera Białej Gwiazdy po nieudanym początku rundy rewanżowej sezonu 2009/10[5]. Zastąpił go Henryk Kasperczak[6].
Skorża jako trener Legii w 2011
Od czerwca 2010, przez dwa kolejne sezony Skorża był trenerem Legii Warszawa, z którą dwukrotnie wygrał rozgrywki Pucharu Polski.
Ettifaq FC
26 września 2012 został trenerem saudyjskiego klubu Ettifaq FC. W sezonie 2012/13 ligi saudyjskiej zajął z drużyną szóste miejsce. W czerwcu 2013 poinformował, że nie przedłużył kontraktu i odszedł z klubu[7].
23 maja 2017 Pogoń Szczecin ogłosiła, że Skorża zostanie następcą Kazimierza Moskala i poprowadzi zespół od początku okresu przygotowawczego do Ekstraklasy sezonu 2017/18[10]. Kontrakt Skorży został rozwiązany za porozumieniem stron 30 października 2017. Zespół pod jego wodzą wygrał w lidze dwa mecze, zremisował trzy i dziewięć przegrał, zdobywając 11 bramek i tracąc 23, zdobywał też średnio 0,64 pkt. na mecz. Drużyna znalazła się na ostatnim miejscu w tabeli oraz odpadła z Pucharu Polski z I-ligową Bytovią Bytów[11].
10 kwietnia 2021 roku poznański Lech ogłosił, że Maciej Skorża przejmie obowiązki pierwszego trenera z dniem 12 kwietnia[13]. W sezonie 2021/2022 zdobył z „Kolejorzem” mistrzostwo Polski[14]; awansował również do finału Pucharu Polski, w którym przegrał z Rakowem Częstochowa[15]. 23 maja 2022 podczas Gali Ekstraklasy, został nagrodzony statuetką w kategorii trener sezonu 2021/22[16]. 6 czerwca 2022 odszedł z klubu z powodów osobistych[17].
Maciej Skorża jako trener Urawa Red Diamonds (2023)
