Świątynia jest przykładem późnogotyckiego przyszpitalnego budownictwa sakralnego. Wczesnobarokowy hełm na wieży został przeniesiony z Bramy św. Jakuba. W latach 1815–1948 kościół nie pełnił funkcji sakralnych. Przetrwał pożogę II wojny światowej w dobrym stanie — był uszkodzony w niewielkim stopniu. Dzięki temu zachował się unikalny, późnorenesansowy strop belkowy z drewna modrzewiowego. Elementami obecnego wystroju są witraże, w tym wielki witraż w oknie w prezbiterium zaprojektowany przez Zofię Boduoin de Courtenay (w 2008 zamalowano polichromie tej autorki w nawie głównej, ale zachowały się dwa obrazy wkomponowane w ołtarze boczne[2]) oraz kamienny portal.
Kalendarium
1415 – marynarze (szyprowie) gdańscy budują w tym miejscu kaplicę i szpital ku czci swego patrona, św. Jakuba[3] (poświęcenie 18 marca 1415).
1432–1437 – w miejsce kaplicy marynarze budują obecny kościół św. Jakuba.
1433 1 sierpnia – poświęcenie nowej świątyni, która już 4 września zostaje spalona przez husytów; po odbudowie w formie jednonawowego korpusu z sygnaturką i z dzwonem ponowne poświęcenie w 1437
1551 – rada miasta Gdańska przeznaczyła kościół dla Polaków.
1556 – kościół przejmują protestanci – kazania nadal głoszone w języku polskim; komunia udzielana pod dwiema postaciami.
1636 (lipiec) – pożar wywołany uderzeniem pioruna niszczy świątynię. Odbudowa trwa 3 lata. Z tego czasu pochodzi obecna wieża.
1881 – osadzenie na wieży hełmu z rozbieranej bramy św. Jakuba
1904 – biblioteka jest przeniesiona do nowego gmachu, w kościele do końca II wojny światowej mieści się Gdańska Izba Rzemieślnicza (z wystawą maszyn i biblioteką techniczną), z wyjątkiem I wojny światowej, kiedy pełni funkcję lazaretu.
1946 – zniszczony w niewielkim stopniu zabytek (uszkodzone szczyty, dachy i brak oszklenia) przejmują oo. kapucyni.
1948 – zakon kapucynów odbudował kościół marynarzy gdańskich. Kościół zostaje ponownie poświęcony.